用于解析和处理肽-光谱匹配和搜索引擎结果的通用工具。
项目描述
Python中解析和处理肽-光谱匹配和搜索引擎结果的通用工具。
关于
简介
psm_utils 是一个 Python 包，用于解析和处理肽段-质谱匹配（PSM）和蛋白质组学搜索引擎结果。它主要开发用于在 CompOmics 开发的 Python 包中，如 MS²PIP、DeepLC 和 MS²Rescore，但对于处理 PSM 和 PSM 文件的人来说也非常有用。此外，它提供了一个易于使用的 CLI 和 Web 服务器，可以将搜索引擎结果从一种 PSM 文件格式转换为另一种格式。
目标和非目标
提供易于使用的 Python API 来处理 PSM。
提供统一的 Python API 来访问现有的众多蛋白质组学搜索引擎输出格式。
遵循社区标准：psm_utils 实用地遵循由 HUPO 蛋白质组学标准倡议 开发的标准，例如 ProForma 2.0、通用质谱标识符 和 mzIdentML。
保持 开放和动态：psm_utils 完全开源，采用宽松的 Apache 2.0 许可证。可以轻松添加新的读取器和写入器模块，我们欢迎每个人为项目做出贡献。有关更多信息，请参阅 贡献。
不要重复造轮子：相反，psm_utils 严重依赖如 pyteomics 和 psims 等包，这些包具有读取和/或写入 PSM 文件的现有功能。psm_utils.io 提供了一个基于这些包的统一、高级 Python API。
支持文件格式
文件格式 |
psm_utils 标签 |
读取支持 |
写入支持 |
|---|---|---|---|
flashlfq |
✅ |
✅ |
|
ionbot |
✅ |
❌ |
|
idxml |
✅ |
✅ |
|
msms |
✅ |
❌ |
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msamanda |
✅ |
❌ |
|
mzid |
✅ |
✅ |
|
parquet |
✅ |
✅ |
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peprec |
✅ |
✅ |
|
pepxml |
✅ |
❌ |
|
percolator |
✅ |
✅ |
|
蛋白质组发现器 MSF |
proteome_discoverer |
✅ |
❌ |
sage_parquet |
✅ |
❌ |
|
sage_tsv |
✅ |
❌ |
|
ProteoScape Parquet |
proteoscape |
✅ |
❌ |
tsv |
✅ |
✅ |
|
xtandem |
✅ |
❌ |
图例：✅ 支持，❌ 不支持
psm_utils 在线
psm_utils 在线 是基于 psm_utils Python 包构建的基于 Streamlit 的 Web 服务器。它允许您轻松检索任何支持的 PSM 文件类型的蛋白质组学 PSM 统计信息，并将搜索引擎结果从一种 PSM 文件格式转换为另一种格式。点击上面的徽章即可开始！
安装
pip install psm-utils
conda install -c bioconda psm-utils完整文档
完整文档，包括快速入门指南和 Python API 参考信息，可在 psm_utils.readthedocs.io 上找到。
引用
如果您在研究中使用了 psm_utils，请引用以下出版物：
psm_utils：解析和处理肽段-质谱匹配和蛋白质组学搜索结果的 Python 高级 API。Ralf Gabriels，Arthur Declercq，Robbin Bouwmeester，Sven Degroeve，Lennart Martens。蛋白质组研究杂志（2022）。doi:10.1021/acs.jproteome.2c00609
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