并行分子动力学分析工具
项目描述
准备使用分析工具和构建块，使用MDAnalysis和dask编写并行分析算法。
例如，在所有可用的核心上运行rmsd分析
import MDAnalysis as mda
from pmda import rms
u = mda.Universe(top, traj)
ref = mda.Universe(top, traj)
rmsd_ana = rms.RMSD(u.atoms, ref.atoms).run(n_jobs=-1)
print(rmsd_ana.rmsd)默认情况下，PMDA 使用 dask 的多进程调度器。如果您想在单台机器上运行模拟，这已经足够了。如果您的分析时间非常长（>30分钟），您也可以使用 分布式 调度器将其扩展到多个节点。为此，您可以在 run 方法中传递一个 scheduler 关键字参数。
要编写自己的并行算法，可以继承 pmda.parallel.ParallelAnalysisBase 类。
许可和源代码
PMDA 在 GNU 通用公共许可证，版本 2 下发布（有关详细信息，请参阅 AUTHORS 和 LICENSE 文件）。
源代码可在公共 GitHub 仓库 https://github.com/MDAnalysis/pmda/ 中找到。
安装
使用 pip 安装发行版
最新发行版可在 https://pypi.ac.cn/project/pmda/ 中找到，并可以使用 pip 安装。
pip install --upgrade pmda从源安装开发版本
要从源安装最新开发版本，请运行
git clone git@github.com:MDAnalysis/pmda.git
cd pmda
python setup.py install获取帮助
您还可以通过 MDAnalysis 邮件列表 获取帮助。
请通过 问题跟踪器 报告 PMDA 的 错误和功能请求。
贡献
PMDA 欢迎新的贡献。请访问 MDAnalysis 开发者邮件列表 讨论并提出问题。
要贡献代码，请向 PMDA 仓库 中的 master 分支提交 pull request。
引用
如果您在发表的著作中使用 PMDA，请引用 [Fan2019]。
Shujie Fan, Max Linke, Ioannis Paraskevakos, Richard J. Gowers, Michael Gecht, and Oliver Beckstein. PMDA — Parallel Molecular Dynamics Analysis. In Chris Calloway, David Lippa, Dillon Niederhut, and David Shupe, editors, Proceedings of the 18th Python in Science Conference, pages 134-142, Austin, TX, 2019. doi: 10.25080/Majora-7ddc1dd1-013
下载文件
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源分布
构建分布
pmda-0.3.0.tar.gz 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a5c33f43184aa26d0a46d15a6c8be3f08aa0274c5ce8b478eb372169846f972c |
|
| MD5 | f2595e7279ec690265763739dbf8f81e |
|
| BLAKE2b-256 | 429fccae15044472677b413fa35514e53914af0a8d6c256710bc98a198f2435b |