Plugy：用于plug微流体数据分析的Python模块

问题

欢迎反馈、提问、错误报告： https://github.com/saezlab/plugy/issues

安装

导入和设置

您现在可以使用conda环境中的pip将plugy作为包安装。要在conda环境中安装pip，请在bash或conda提示符下运行以下行。

# Activate your conda environment replacing 'YOUR_ENVIRONMENT' with the name of your environment
conda activate YOUR_ENVIRONMENT

# Install pip git support, such that plugy can be directly installed from gitlab
conda install pip git

# Install plugy into your environment
pip install git+https://github.com/saezlab/plugy@master

# If you want to use the latest development version use this instead
pip install --force-reinstall git+https://github.com/saezlab/plugy@dev

快速入门

此笔记本将向您展示如何运行基于plugy的药物组合Braille显示微流体实验分析。

首先，确保您的Python外壳正在运行在包含数据的工作目录中（或在它的子目录中），您想在其中保存结果。

最简单的流程，通常足够使用，如下所示

import plugy
exp = plugy.PlugExperiment()
exp.main()

进一步设置，参数可以传递给PlugExperiment

import plugy
exp = plugy.PlugExperiment(
    peak_min_threshold = 0.02,
    barcoding_param = {
        'times': (.2, 4.0),
    },
    heatmap_second_scale = 'pos-ctrl',
)
exp.main()

如果您想与数据交互，请使用exp对象的内容。它包含分析中使用的所有plug、pmt、通道和序列数据。例如，包含每个样本统计信息的pandas.DataFrame

exp.sample_statistics

教程

您可以在plugy指南中找到更多示例： https://github.com/saezlab/plugy/blob/master/notebooks/plugy_guide.ipynb

开发历史

https://github.com/saezlab/plugy/blob/master/NEWS.md