platetrack

一个小的napari插件，用于跟踪血小板。Platetrack需要一个分割和一个包含原始数据的图像。我们推荐尝试使用napari插件iterseg生成这些。Platetrack使用trackpy进行跟踪，并输出一个包含血小板坐标、跟踪信息和几个其他变量的dataframe，这些变量提供了有关每个血小板的信息。

安装

安装platetrack主要有三种方法

使用pip安装

在您的终端（MacOS或Ubuntu）或annaconda提示（Windows）中输入以下内容

pip install platetrack

通过napari hub安装

在您的终端（MacOS或Ubuntu）或annaconda提示（Windows）中输入以下内容

install napari
napari

一旦打开napari（这可能需要一秒钟，如果您第一次打开），请转到屏幕顶部的面板并选择“插件”下拉菜单。然后选择安装/卸载插件。将打开一个新窗口，显示可用的插件。向下滚动到或搜索“platetrack”，然后单击“安装”。

从源代码安装

请现在使用此方法

在您的终端（MacOS或Ubuntu）或annaconda提示（Windows）中输入以下内容

git clone <repository https or ssh>
cd platetrack
pip install .

打开Platetrack

一旦正确安装 annotrack，您就可以通过打开 napari 来打开 platetrack。您可以通过以下方式通过命令行（终端（MacOS 或 Ubuntu）或 annaconda 提示符（Windows））打开 napari：

napari

您可以通过在屏幕顶部的面板中选择下拉菜单 '插件' 来找到 platetrack 小部件，并选择 platetrack 小部件 'track_platelets'。

血小板追踪

您可以通过提供图像/（t, z, y, x）和分割（t, z, y, x）来追踪血小板并获得关于血小板观察的信息。没有特定的文件格式要求，只需首先将图像和分割加载到 napari 中。napari 插件 iterseg 提供了一个小部件，可以帮助您加载 zarr 格式文件。如果您有一个多通道的图像（例如，激光颜色），请将它们加载到单独的 napari 层中。Iterseg 有一个选项叫做 "split channels"。否则，请参考 napari 网站，获取有关使用 napari 层的说明。

小部件的参数

• labels_layer：包含分割的 napari 层。
• image_layer：包含图像的 napari 层（如果您不希望使用所有图像层，则需要此参数）。
• use_all_image_layers：如果您有几个图像通道，选择此选项将获取每个通道的信息。图像强度的信息将存储在数据框的 [层名]_max, [层名]mean 列中。
• sample_name：样本的名称（例如，生物样本的标识符，包括例如动物编号、日期、实验条件等）。如果您计划将数据框与不同处理组的数据组合，则此信息很重要。
• treatment_name：治疗组或实验条件的名称（将作为分类变量添加）。如果您计划将数据框与不同处理组的数据组合，则此信息很重要。
• x_microns：x 轴上的像素有多大（可能是微米）。我们需要这个值以便计算物理坐标而不是像素坐标。
• y_microns：y 轴上的像素有多大（可能是微米）。我们需要这个值以便计算物理坐标而不是像素坐标。
• z_microns：z 轴上的像素有多大（可能是微米）。我们需要这个值以便计算物理坐标而不是像素坐标。
• save_dir：您想要保存输出数据的目录。
• save_file：要给文件起的名字。
• save_format：有两种保存格式选项：“parquet”或“csv”。
• search_range：这是一个追踪参数。搜索范围是追踪算法在下一个时间点查找相同血小板时距离多远（以物理单位计算，例如，微米）。如果由于观察数量（血小板）过多而导致 trackpy 运行资源不足，可以减少此范围。
• xy_origin：如果您正在旋转数据（例如，您可能希望将血流与 y 轴对齐），此参数定义旋转中心。如果您想使用图像的几何中心，请使用“中心”。否则，提供在物理单位中以 yx 格式（例如，(126, 148)）表示的坐标元组。
• rotation：数据逆时针旋转的度数。

输出的血小板数据

在追踪的同时计算了关于血小板的多个变量。每个变量都报告了每个血小板观察值（除了速度，速度只在第一次观察之后报告跟踪的血小板）。

• 每个图像通道中血小板的平均强度。
• 每个通道中血小板的最高像素强度。
• 血小板伸长率（0-1，0 为最不伸长，1 为最伸长）。
• 血小板扁平度（0-1，0 为最扁平，1 为最扁平）。
• 血小板速度（dv）。
• 血小板坐标速度（dvx，dvy，dvz）。
• 血小板局部密度（围绕血小板 15 微米半径内的血小板密度）。
• 15微米半径内血小板邻居列表
• 15微米半径内每个血小板邻居的距离列表

贡献和支持

用户支持：如果您在使用platetrack时遇到问题，请添加一个问题（前往GitHub页面顶部的“问题”标签）。如果您的問題是錯誤，請提供尽可能多的信息以幫助调试問題。信息示例包括：关于图像和分割数据的详细信息（维度）、图像数量、尝试采集的样本数量。如果您请求改进，请尽可能清楚地说明您需要的内容。

贡献：如果您想为platetrack做出贡献，请fork仓库，如果您想进行更改，请尽可能详细地创建一个pull request。请确保您要做的更改不会破坏现有的功能。