platelet-analysis

plateletanalysis 是一个Python包，用于分析形成血栓过程中血小板的下游运动。

安装

该包可以按照以下步骤安装到您的机器上

git clone https://github.com/AbigailMcGovern/platelet-analysis.git
cd platelet-analysis
pip install -e . # installs an editable version of the package

背景信息

在分析之前，将生长的血栓的显微镜视频分割，以找到标记的小部分血小板的定位。在分割的基础上，收集有关分割对象的信息（例如，荧光强度、体积、形状）。然后使用Python包TrackPy跟踪分割，并分配一个id（在我们数据帧中标记为"particle"的列）。

数据配置

目前，该包专门针对特定配置的数据

主要跟踪输出

分割和跟踪分析的主要输出（格式：csv）应包含以下变量

• pid – 该点时间的血小板唯一标识符
• file – 文件名列的名称（来自原始ND2视频文件）
• xs – 血小板 x 坐标
• ys – 血小板 y 坐标
• zs – 血小板 z 坐标
• ... 待补充

主要跟踪输出元数据

对于每个找到跟踪的视频，应该有一个相应的元数据文件（格式：csv）

• 路径
• ... 待补充

汇总数据文件

这些是在使用菜单界面生成分析时应该使用的数据文件（格式：parquet）。使用plateletanalysis提供的函数，您可以生成这些文件（目前examples目录中有一些不完整的示例 - 以_df.py结尾的文件）。通常，我们每个实验条件保留一个数据帧。也就是说，每个抑制剂或对照组都有一个数据帧。将在分析中出现的选项的数据帧名称在plateletanalysis.config模块中指定（最终将重新配置和重命名）。数据帧的路径位于data目录中的file_paths.csv文件中。变量包括

• pid –
• path –
• x_s –
• ys –
• zs –
• ... 待补充

运行分析

基于用户界面的分析可以通过调用plateletanalysis.run_analysis来运行。在运行分析之前，请确保file_paths.csv已正确配置，包括以下位置：（1）包含汇总数据文件的目录，（2）最大钙二次分析回归，（3）最小钙二次分析回归，（4）如果需要，ParaView文件，以及（5）包含任何要排除的异常值的数据。

from plateletanalysis import run_analysis

run_analysis.show(run=True)

路线图

• 确保在具有不同数据访问权限的各种机器上运行分析
• 修改配置文件以添加帮助用户配置其机器的功能（例如，帮助他们编辑file_paths.csv文件）
• 可能将治疗的长名和短名列表移动到CSV中（可能更容易编辑）
• 添加t_traj_move和相关函数，用于映射在不同时间点以不同方式移动的血小板

版本控制指南

这里我们将使用git进行版本控制。

当您想要获取代码主分支的最新版本时，请确保您位于git仓库的main分支上，通过在命令行中输入git switch main。然后，您可以输入git pull origin main，这将从GitHub上的仓库（git将其称为origin）获取主分支。建议在更改任何内容之前这样做，以防您电脑上的main副本已过时。

当您想要更改代码时，请为仓库检出一个新的分支。分支使我们能够保留许多版本的代码。当您切换到另一个分支时，git会记录从主分支来的任何更改，并允许您在代码的不同版本之间切换。您可以这样做，输入以下命令git checkout -b <new-branch-name>。如果您想找出您所在的分支以及存在的分支，请使用git branch。如果您想切换到另一个分支，请使用git switch <branch-name>。请注意，除非您已暂存和提交了您的更改（见下文），否则您无法在不同的分支之间切换。

当您对代码进行更改时，为了将更改上传到GitHub，您首先需要暂存和提交。暂存更改是为了准备提交。您可以使用git status查看哪些文件有已暂存或未暂存的更改。使用git add <filename>或git add <filename> <filename> ...（如果您需要暂存多个文件）来暂存更改。要提交更改，请使用git commit -m "请输入一条消息，以便我们可以看到更改了什么"。一旦更改被暂存和提交，它们还需要被上传到GitHub。为此，您可以使用git push origin <branch-name>。这将提供更改在仓库位置的链接。为了将更改添加到主分支，您需要使用GitHub本身。访问提供的链接并点击"发起拉取请求"。