命令行工具，用于协助构建Galaxy项目（http://galaxyproject.org/）的工具。

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命令行工具，用于协助开发Galaxy和通用工作流语言工件（包括工具、工作流程和培训材料）。

Documentation Status Planemo on the Python Package Index (PyPI) https://github.com/galaxyproject/planemo/workflows/Python%20CI/badge.svg

  • 免费软件：MIT许可证

  • 文档：[https://planemo.readthedocs.io](https://planemo.readthedocs.io)。

  • 代码：[https://github.com/galaxyproject/planemo](https://github.com/galaxyproject/planemo)

快速入门

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对于Planemo的传统Python安装，首先为planemo设置一个虚拟环境（此示例在.venv中创建一个新的虚拟环境），包含Python 3.7或更新的版本，然后使用pip进行安装。Planemo必须使用pip 7.0或更新的版本进行安装。

$ virtualenv .venv; . .venv/bin/activate
$ pip install "pip>=7" # Upgrade pip if needed.
$ pip install planemo

有关更新Planemo、安装最新开发版本或通过Bioconda安装Planemo的信息，请查阅安装文档。

Planemo还可以作为虚拟设备提供，捆绑了一个预先配置好的Galaxy服务器，并针对Galaxy和通用工作流语言工具开发进行了设置。您可以选择开放虚拟化格式（OVA，.ova）或Docker设备。

基础知识 - Galaxy

此快速入门将假设您有一个包含一个或多个Galaxy工具XML文件的目录。如果没有此类目录，可以快速创建一个来演示planemo，如下所示：project_init --template=demo mytools; cd mytools。

Planemo可以使用lint 命令（也称为l）检查工具XML文件中的常见问题和最佳实践。

$ planemo lint

像许多planemo命令一样，默认情况下，它将搜索当前目录并使用找到的所有工具文件。可以显式传递工具文件或工具文件目录的路径。

$ planemo l randomlines.xml

lint命令还接受与报告级别、退出代码等相关选项。这些选项在文档中描述，或者（就像所有命令一样）可以通过传递--help

$ planemo l --help
Usage: planemo lint [OPTIONS] TOOL_PATH

工具在语法上正确后，就是时候进行测试了。可以使用test 命令来测试工具或工具目录。

$ planemo test --galaxy_root=../galaxy randomlines.xml

如果没有定义--galaxy_root，Planemo将下载并配置一个可丢弃的Galaxy实例进行测试。

Planemo将在当前目录中创建一个HTML输出报告，命名为tool_test_output.html（可以用--test_output重写）。请参阅此类报告的示例（Tophat）。

在工具经过lint和测试后，可以使用serve（s）命令在Galaxy界面中查看工具。

$ planemo serve

与test一样，serve需要定义一个Galaxy根目录，可以显式指定--galaxy_root或使用--install_galaxy动态安装。

有关构建Galaxy工具的一般信息，请参阅使用Planemo构建Galaxy工具。

有关使用Planemo开发Galaxy工作流程的更多信息，请参阅Galaxy工作流程的最佳实践以及Planemo的测试格式的说明。有关开发Galaxy培训材料的信息，请访问training.galaxyproject.org上的贡献文档。

基础知识 - 常见工作流语言

本快速入门将假设您有一个包含一个或多个常见工作流语言 YAML文件的目录。如果没有这样的目录，可以快速创建一个以演示planemo，如下所示：planemo project_init --template=seqtk_complete_cwl mytools; cd mytools。

Planemo可以使用lint 命令（也可作为l的别名）检查工具YAML文件中的常见问题和最佳实践。

$ planemo lint

像许多planemo命令一样，默认情况下，它将搜索当前目录并使用找到的所有工具文件。可以显式传递工具文件或工具文件目录的路径。

$ planemo l seqtk_seq.cwl

lint命令还接受与报告级别、退出代码等相关选项。这些选项在文档中描述，或者（就像所有命令一样）可以通过传递--help

$ planemo l --help
Usage: planemo lint [OPTIONS] TOOL_PATH

一旦工具在语法上正确，就到了测试的时候了。可以使用test 命令来测试CWL工具、工作流程或其目录。

$ planemo test --engine cwltool seqtk_seq.cwl

Planemo将在当前目录中创建一个名为tool_test_output.html的HTML输出报告。查看文件seqtk_seq_tests.yml以获取Planemo对CWL工具的测试示例。一个测试由任意数量的带有输入描述的工作和相应的输出断言组成。

有关开发CWL工具的一般信息，请参阅常见工作流用户指南，有关使用Planemo开发CWL工具的更多信息，请参阅构建常见工作流语言工具。

工具库

Planemo可以帮助您将工具发布到Galaxy工具库。有关更多信息，请参阅发布到工具库。

Conda

Planemo可以帮助同时开发工具和Conda包。有关更多信息，请参阅“依赖关系和Conda”教程的Galaxy或CWL版本。

Docker和容器

Planemo可以帮助开发在“最佳实践”容器中运行的科学工作流程的工具。有关更多信息，请参阅“依赖关系和容器”教程的Galaxy或CWL版本。

历史

0.75.26 (2024-09-24)

0.75.25 (2024-08-11)

0.75.24 (2024-07-04)

0.75.23 (2024-05-08)

0.75.22 (2024-04-04)

0.75.21 (2024-02-01)

0.75.20 (2024-01-30)

0.75.19 (2023-12-06)

0.75.18 (2023-11-16)

0.75.17 (2023-11-01)

0.75.16 (2023-11-01)

  • 无更改

0.75.15 (2023-10-29)

0.75.14 (2023-10-19)

0.75.13 (2023-10-18)

0.75.12 (2023-09-18)

0.75.11 (2023-09-14)

0.75.10 (2023-09-01)

0.75.9 (2023-06-29)

0.75.8 (2023-06-09)

0.75.7 (2023-03-01)

0.75.6 (2023-02-22)

0.75.5 (2023-02-10)

0.75.4 (2023-02-09)

0.75.3 (2022-11-30)

0.75.2 (2022-11-02)

0.75.1 (2022-10-31)

0.75.0 (2022-10-28)

0.74.11 (2022-06-08)

0.74.10 (2022-05-31)

0.74.9 (2021-11-03)

0.74.8 (2021-10-10)

0.74.7 (2021-09-21)

0.74.6 (2021-07-23)

0.74.5 (2021-06-25)

0.74.4 (2021-06-01)

0.74.3 (2021-02-25)

0.74.2 (2021-02-21)

0.74.1 (2021-01-03)

0.74.0 (2020-12-30)

0.73.0 (2020-12-28)

0.72.0 (2020-08-04)

0.71.0 (2020-08-03)

0.70.0 (2020-01-29)

0.62.1 (2019-10-14)

  • 在安装和创建软件包时初始化和更新子模块。停止分发 eggs（感谢 @nsoranzo）。1ab8530

0.62.0 (2019-10-11)

0.61.0 (2019-07-08)

0.60.0 (2019-05-31)

0.59.0 (2019-05-09)

0.58.2 (2019-03-01)

0.58.1 (2019-01-03)

0.58.0 (2019-01-01)

0.57.1 (2018-11-23)

0.57.0 (2018-11-19)

0.56.0 (2018-10-30)

0.55.0 (2018-09-12)

0.54.0 (2018-06-06)

0.53.0 (2018-05-22)

0.52.0 (2018-05-20)

0.51.0 (2018-05-19)

  • 修复几乎所有与Conda和BioContainers相关的功能，以允许CWL和现有Galaxy功能之间的兼容性 - 修复和增强了包括lint、conda_install、conda_env、test、run和mull在内的许多命令。 Pull Request 828

  • 添加两个针对使用CWL工具开发的Conda和Container的新教程，这些教程与现有Galaxy工具的教程类似，包括新的CWL练习、答案和示例项目模板。 347c622

  • 改进tool_init命令生成的CWL，以正确处理SoftwareRequirement并生成更符合语法的CWL。 Pull Request 820，a5c72e3

  • 添加一个新的引擎类型（--engine toil），用于测试和运行CWL工具（需要在Planemo环境中手动安装Toil，使用pip install toil）。 Pull Request 831

  • 添加有关文档的Galaxy工作流程和CWL测试格式文件的说明（包括配置各种测试引擎的信息）。 Pull Request 832

  • 为CWL开发提供更好的默认日志配置。 Pull Request 830

  • 对conda_search命令进行了各种修复。 Pull Request 826

  • 修复测试覆盖率配置。 Pull Request 822

  • 重新组织.travis.yml以提高清晰度。 Pull Request 829

  • 更独立、更健壮的单元测试，使用git。 Pull Request 827，Pull Request 818

  • 修复最佳实践Conda通道的默认列表。 Pull Request 825

  • 重构测试以提高快速测试的速度 - 在“快速”模式下检索的buggy URL更少。 Pull Request 823

  • 修复工作流程测试的默认上传配置（可覆盖）以外部Galaxy不使用路径粘贴。 Pull Request 816

  • 修复工作流程测试的测试编号解析。 Pull Request 817

0.50.1 (2018-05-11)

  • 修复等待Galaxy启动的过程，以使Docker Galaxy容器作为--engine运行。

0.50.0 (2018-05-10)

  • 修复和微调命令行界面，使Docker Galaxy容器能够作为--engine执行运行、服务和测试命令。

0.49.2 (2018-05-09)

  • 针对新外部Galaxy引擎类型进行的各种小修复。

0.49.1 (2018-05-06)

  • 修复0.49.0版本更改的PyPI README渲染问题。

0.49.0 (2018-05-06)

0.48.0 (2018-02-28)

0.47.0 (2017-11-18)

0.46.1 (2017-09-26)

0.46.0 (2017-09-15)

0.45.0 (2017-09-06)

0.44.0 (2017-06-22)

0.43.0 (2017-06-22)

  • 从生成的工具中移除 stdio - 只使用 exit_code。 91b6fa0

  • 实现了一些临时的文档测试。 Pull Request 699

  • 对文档和示例项目进行了大量的小增强和修复。

0.42.1 (2017-06-16)

  • 修复 Readme 中的错别字（感谢 @manabuishii）904d77a

  • 修复 container_register 以创建针对多包容器仓库库新最终位置的反向拉取请求。9636682

  • 修复 use_global_config 和 use_env_var 以处理未指定默认值的选项。475104c

0.42.0 (2017-06-15)

0.41.0 (2017-06-05)

0.40.1 (2017-05-03)

0.40.0 (2017-03-16)

  • 实现 GA4GH 工具执行挑战第一阶段说明和项目模板。84c4a73

  • 消除强制使用 /tmp 作为临时目录的 Conda 修改。 b4ae44d

  • 在隔离目录中运行依赖脚本测试。 32f41c9

  • 通过使用 urllib 而不是套接字重写，修复了 OS X 中 planemo run 的bug。 3129216

0.39.0 (2017-03-15)

  • 在“高级”主题下实现基于 Conda 的依赖开发的文档和示例。 Pull Request 642，Pull Request 643

  • 在“高级”主题下实现基于容器的依赖开发的文档和示例。 0a1abfe

  • 实现一个 planemo conda_search 命令，用于从命令行搜索最佳实践通道。 Pull Request 642

  • 允许 Planemo 使用 --conda_use_local 命令与本地构建的 Conda 软件包一起工作。 Pull Request 643，Issue 620

  • 实现一个 open（或仅 o）命令，快速打开最后测试结果（或如果提供任何文件，则打开任何文件）。 Pull Request 641

  • 由于 galaxy-lib 的更新，进行代码检查的改进和修复。 * 如果找不到或找不到匹配的测试输出名称，则发出 WARN。 * 如果找到配置文件版本，则正确地显示关于 stdio 的信息。 * 如果配置文件版本不正确，则发出 WARN。 * 显示配置文件版本 * 修复 assert_command 未检测为有效测试（修复了 Issue 260）。

  • 使用 lint --conda_requirements 检查至少找到一个实际要求。 6638caa

  • 允许 conda_install 与软件包以及仅工具一起工作。 8faf661

  • 为 conda_install 添加 --global 选项，将要求安装到全局 Conda 设置而不是使用环境。 8faf661

  • 实现 planemo lint --biocontainer，以检查工具是否有可用的 BioContainer 注册。 0a1abfe

  • 向 planemo mull 命令添加更多选项和更多文档。 0a1abfe

  • 解决 Conda 4.2 中的一个bug，该bug使得 planemo mull 在 Mac OS X 上无法直接使用。 0a1abfe

  • 允许在几个操作中使用 URI 而不是路径。 ce0dc4e

  • 实现非严格 CWL 解析选项。 4c0f100

  • 针对 cwltool 的更改和与 CWL 相关的通用功能进行修复。 3c95b7b，06bcf19，525de8f，9867e56，9ab4a0d

  • 从 planemo.tools 中消除基于 XML 的抽象。 04238d3

  • 修复迁移到 galaxy-lib 的 MANIFEST.in 条目。 ced5ce2

  • 针对 conda_env 命令的各种修复。 Pull Request 640

  • 改进了命令帮助 - 包括格式和内容。 Pull Request 639

  • 实现了一个 --no_dependency_resolution 选项，用于禁用 conda 依赖解析器。 Pull Request 635，Issue 633

  • 对新的 linting 逻辑进行测试。 Pull Request 638

  • 修复了工具 ID 需要小写以便在 shed 中使用的 bug（感谢 @bgruening）。 Pull Request 649

  • 更新 intro 文档中指向的 seqtk 版本。 e343b67

  • 其他各种 Conda 用户体验改进。 Pull Request 634

0.38.1 (2017-02-06)

  • 修复了 0.38.0 版本中引入的 shed_lint --urls 的 bug。 84ebc1f

0.38.0 (2017-02-06)

0.37.0 (2017-01-25)

  • 更新到最新的 galaxy-lib 版本。这意味着新安装将使用 Miniconda 3 而不是 Minicoda 2，并且是更新的版本。这修复了许多 Conda 相关的 bug。

  • 更改默认设置，使 Conda 自动初始化并从启动的 Galaxy 服务器默认执行工具安装。标志 --conda_dependency_resolution、--conda_auto_install 和 --conda_auto_init 现在默认启用。 4595953

  • 默认使用 Galaxy 缓存的依赖管理器（感谢 @abretaud）。 Pull Request 612

  • 测试更多版本的 Galaxy 的 Conda 依赖解析，包括即将发布的 17.01 版本。

  • 更新到最新的 Galaxy 工具 XSD 以解决各种 linting 问题。 32acd68

  • 修复了 bioconda_scripts 的 pip 忽略错误（感谢 @nturaga）。 Pull Request 614

0.36.1 (2016-12-12)

0.36.0 (2016-12-11)

0.35.0 (2016-11-14)

0.34.1 (2016-10-12)

0.34.0 (2016-10-05)

  • 实现基于Conda食谱匹配需求定义的mull命令来构建工具容器。08cef54

  • 在test、serve和run命令中实现--mulled_containers标志，以在“mulled”容器中运行工具。Galaxy将首先搜索本地缓存容器（例如使用mull构建的），然后搜索quay.io的mulled命名空间，如果需要，最后使用galaxy-lib和Involucro（由@thriqon开发）按需构建。

  • 在lint命令中实现--conda_requirements标志，以确保可以在最佳实践渠道中解决需求。9da8387

  • 允许在多个工具路径上使用conda_install命令。2e4e5fc

  • 作为Makefile目标的虚拟环境设置的一部分更新pip。19b2ee9

  • 添加脚本以自动更新Planemo的Bioconda食谱并提交拉取请求。f0da66f

0.33.2 (2016-09-28)

  • 修复PyPI上HISTORY.rst链接问题，防止内容正确显示。f0da66f

0.33.1 (2016-09-28)

0.33.0 (2016-09-23)

0.32.0 (2016-09-16)

0.31.0 (2016-09-06)

  • 为 ci_find_repos 和 ci_find_tools 实现新命令，以简化 CI 脚本。 Pull Request 555

0.30.2 (2016-09-01)

  • 修复使用 --conda_dependency_resolution 时处理 Conda 前缀的另一个问题。 f7b6c7e

0.30.1 (2016-09-01)

  • 修复使用 --conda_dependency_resolution 时处理 Conda 前缀的问题。 f7b6c7e

  • 修复 update_planemo_recipe.bash 中的引号问题。 6c03de8

  • 修复以恢复 tests/ 目录的 linting 并在整个模块中修复导入顺序。 ef4b9f4

0.30.0 (2016-09-01)

  • 更新到最新的 galaxy-lib 版本，并更改 Conda 语义以匹配 Galaxy 的最新更新。对于最稳健的 Conda 使用 - 使用 planemo 0.30+ 与 Galaxy 16.07 或 master。 07d94bd

  • 为 conda_install 实现 --conda_auto_init 标志。 ca19910

  • 允许环境变量 PLANEMO_CONDA_PREFIX 为 --conda_prefix 设置默认值。 24008ab

  • 修复有关安装和Conda的文档。ce44e87

  • 修复并检查整个项目中的Python模块导入顺序。Pull Request 550

  • 在dependency_script命令中，使用cp而不是符号链接到$DOWNLOAD_CACHE（感谢@peterjc）。c2204b3

  • 对Homebrew配方更新器的修复。c262b6d

0.29.1 (2016-08-19)

  • 改进了Python 2.7特定依赖的处理。

0.29.0 (2016-08-19)

0.28.0 (2016-08-17)

0.27.0 (2016-06-22)

0.26.0 (2016-05-20)

  • 实现 Engine 和 Runnable 抽象 - Planemo 现在支持使用 Galaxy 和任何 CWL 工件与 CWL 工具一起进行测试，包括 cwltool。Pull Request 454、7be1bf5

  • 修复测试输出 json 中缺少 command_line 的问题。e38c436

  • 更明确地处理 Galaxy job_conf.xml，修复了由于 galaxy_root 存在且不兼容的 job_conf.xml 文件而引起的错误，并使得可以指定具有固定服务器名称的默认值。c4dfd55

  • 引入配置文件命令（profile_create、profile_delete 和 profile_list）以及配置文件改进（自动创建 PostgreSQL 数据库支持）。Pull Request 480、a87899b

  • 重新设计 Galaxy 测试报告，使用结构化数据而不是 XUnit 数据。4d29bf1

  • 重构 Galaxy 配置以支持在 docker-galaxy-stable 中运行 Galaxy。Pull Request 479

0.25.1 (2016-05-11)

  • 调整依赖关系以尝试解决与 cwltool 相关的问题 - 例如 Issue 475。

0.25.0 (2016-05-11)

  • 实现 Galaxy “配置文件” - 为 serve 和 test 配置持久、命名的环境的能力。5d08b67

  • 大幅改进 serve 命令 - 使 test-data 作为 FTP 文件夹可用，（在 16.07 版本中）自动登录管理员用户，以及许多其他选项（例如“配置文件”和 --daemon 模式）。

  • 对确保更一致、可靠的 test 输出进行了两个修复。Pull Request 472、f3c6917

  • 为代码和文档添加代码审查（lint）和构建（tool_init）CWL工具的功能。CWL，提交记录：a4e6958，b0b867e，4cd571c

  • 如果需要Conda的解决方案，缩短config_directory路径（感谢@mvdbeek）。提交记录：efc5f30

  • 修复--no_cache_galaxy选项（感谢Gildas Le Corguillé）。提交记录：d8f2038

  • 以CWL的草案3为目标，而不是草案2。提交记录：775bf49

  • 修复cwltool依赖项的版本 - 上游更改破坏了兼容性。提交记录：65b999d

  • 添加关于最近Galaxy工具框架变更的文档部分和幻灯片（包含@remimarenco的修复）。提交记录：069e7ba

  • 将IUC标准添加到Planemo文档中。提交记录：2ae2b49

  • 改进文档中与收集相关的部分（部分感谢@martenson）。提交记录：fea51fc，13a5ae7

  • 添加关于GALAXY_SLOTS和集群上运行planemo的文档。提交记录：45135ff，e0acf91

  • 修订命令行处理框架以保持一致性和扩展性 - 允许将额外选项配置为默认值 ~/.planemo.yml，包括--job_config_file和Conda配置选项。提交记录：e769118，26e378e

  • 修复tool_init命令选项中的拼写错误（感谢Nitesh Turaga）。提交记录：826d371

  • 将galaxy相关的模块重构为新的planemo.galaxy包的子模块。提交记录：8e96864

  • 修复错误消息中的拼写错误（感谢@blankenberg）。提交记录：b1c8f1d

  • 更新文档以包含最近添加的命令。提交记录：3f4ab44

  • 将选项--galaxy_sqlite_database重命名为--galaxy_database_seed并修复使其真正工作。提交记录：f7554d1

  • 将--extra_tools选项添加到serve命令中。提交记录：02a08a0

  • 更新项目测试以包括代码审查文档（docs/）、Python导入顺序和文档字符串。提交记录：a13a120，6e1e726，95d5cba

0.24.2 (2016-04-25)

  • 撤销“在创建shed时检查.shed.yml所有者与凭据”的操作，测试不正确且阻止了上传。拉取请求：Pull Request 425，问题：Issue 246

0.24.1 (2016-04-08)

  • 修复测试摘要报告。拉取请求：Pull Request 429

  • 改进运行shed_test时的错误报告。提交记录：ce8e1be

  • 改进了与shed相关的功能代码注释和测试。 89674cb

  • 将 galaxy-lib 的依赖版本升级到 16.4.1，以修复wget在新版wget中的使用问题。 d76b489

0.24.0 (2016-03-29)

0.23.0 (2016-02-15)

  • 修复了与 Conda 解析器重复的属性问题（感谢Björn Grüning）。 Pull Request 403

  • 升级到最新版本的 galaxy-lib 以进行更多linting。

  • 尝试更好地处理对 cwltool 的条件依赖。

0.22.2 (2016-01-14)

  • 修复了针对即将发布的Galaxy 16.01版本的目标错误。

0.22.1 (2016-01-14)

  • 修复了由于之前发布时子模块未初始化而导致的 PyPI 构建工件的问题。

0.22.0 (2016-01-13)

0.21.1 (2015-11-29)

0.21.0 (2015-11-29)

  • 如果virtualenv不在PATH中，Planemo将自动为Galaxy创建一个。5b97f2e

  • 在现有Galaxy实例中添加测试工具的文档部分。1927168

  • 在为Galaxy创建virtualenv时，优先使用Python 2.7。e0577e7

  • 由于@martenson的贡献，对文档进行了修复和改进。0f8cb10，01584c5，b757791

  • 指定最小six版本要求。1c7ee5b

  • 添加脚本以测试作为wheel的planemo。6514ff5，问题184

  • 修复了空宏加载的问题。问题362

  • 感谢ABiMS Roscoff的Gwendoline Andres和Gildas Le Corguillé解决了运行shed_diff --shed_target local时的问题。拉取请求375

  • 修复了在未指定-o时，shed_diff打印到stdout的问题。f3394e7

  • 对shed_diff进行了小的改进，包括XML diffing和XUnit reporting。af7448c，83e227a

  • 如果标记了--verbose，则更多记录shed_diff的结果。9427b47

  • 添加test_report命令，用于从结构化JSON重建报告。99ee51a

  • 由于@bgruening的贡献，修复了Click 6.0的选项错误。2a7c792

  • 改进了测试命令的错误消息。fdce74c

  • 针对Python 3的各种修复。2f66fc3，7572e99，8eda729，764ce01

  • 使用较新的travis容器基础设施进行测试。6d81a94

  • 测试用例修复。98fdc8c，0e4f70a

0.20.0 (2015-11-11)

  • 为XUnit捕获了更完整的I/O。6409449

  • 在linting工具时检查没有选项的select参数。问题373

  • 将--cwl_engine参数添加到cwl_run命令。dd94ddc

  • 修复了select参数linting的问题。8b31850

  • 修复了工具上传后的解复用存储库的问题。问题361

  • 修复了更新planemo以用于Galaxy wheel的问题。25ef0d5

  • 针对Python 2.6和Python 3的各种修复。c1713d2，916f610，c444855

0.19.0 (2015-11-03)

  • 实现了cwl_run命令的初始版本，该命令通过Galaxy运行CWL工具和作业文件。49c5c1e

  • 将--cwl标志添加到serve，以在Galaxy中实验性地提供CWL工具。拉取请求339

  • 实现了高度实验性的 cwl_script 命令，用于将 CWL 作业转换为 bash 脚本。508dce7

  • 为所有 XUnit 报告添加名称（感谢 @hexylena）。Pull Request 343

  • 捕获 shed_diff 和 shed_update XUnit 报告的 stdout 和 stderr。Pull Request 344

  • 更多工具 linting（条件语句），感谢 @hexylena。Pull Request 350

  • 处理 XUnit 报告时的 UTF-8 修复。Pull Request 345

  • 将 表观遗传学 添加为工具库分类。Pull Request 351

  • 合并 Galaxy、Planemo 和 Pulsar 之间共享的公共模块的更改（感谢 @natefoo）。Pull Request 356

  • 向 tool_init 添加 --cite_url。fdb1b51

  • tool_init 错误修复。f854138

  • 修复 setup.py 以适应 cwltool 和 bioblend 的更改。1a157d4

  • 添加本地指定模板 sqlite 数据库的选项。c23569f

  • 将示例 IPython 笔记本添加到文档中。c8640b6

0.18.1 (2015-10-22)

  • 修复测试报告未填充的问题。19900a6

0.18.0 (2015-10-20)

0.17.0 (2015-10-19)

0.16.0 (2015-10-07)

0.15.0 (2015-10-01)

0.14.0 (2015-08-06)

0.13.2 (2015-07-06)

  • 修复project_init以解决缺少文件的问题。cb5b906

  • 各种文档改进。

0.13.1 (2015-07-01)

  • 修复shed_init生成非标准类型提示的问题。问题243，f0610d7

  • 修复工具linting对定义了参数但没有名称的参数进行修复。问题245，aad1eed

  • 许多文档更新，包括以测试驱动方式开发工具的教程，以及通过Kitematic使用planemo设备（附有E. Rasche的Kitematic截图）的说明。

0.13.0 (2015-06-28)

  • 如果planemo找不到Galaxy根目录，现在将自动获取一个（指定--galaxy_install仍然会强制获取）。拉取请求235

  • 文档已更新以反映新的、大幅改进的Docker和Vagrant虚拟设备现在可用，以及新的VirtualBox OVA变体。

  • 更新对新的工具XML功能的linting（包括detect_errors和输出集合）。问题233，334f2d4

  • 修复shed_test帮助文本。问题223

  • 修复代码错误（感谢Nicola Soranzo）。拉取请求230

  • 改进用于猜测XML文件是否为工具XML文件的算法。问题231

  • 修复配置文件处理错误。问题240

0.12.2 (2015-05-23)

  • 修复shed_test和shed_serve以测试和查看测试和本地工具库中的发布工件。f3cafaa

0.12.1 (2015-05-21)

  • 确保tab补全脚本位于Python源tarball中（对于设置Homebrew的tab补全是必需的）。6b4e7a6

0.12.0 (2015-05-21)

  • 为test命令实现--failed标志以重新运行之前失败测试。拉取请求210

  • 实现shed_update以上传内容和更新存储库元数据。拉取请求216

  • 实现shed_test和shed_serve命令以测试和查看工具库中的发布工件。拉取请求213，问题176

  • 添加shell tab补全脚本。37dcc07

  • 许多更多命令允许指定多个工具和/或存储库目标。问题150

  • 在planemo shed_upload中添加-m作为–message的别名（感谢Peter Cock）。拉取请求200

  • 将--ensure_metadata选项添加到shed_lint以确保.shed.yml文件包含多个存储库。拉取请求215

  • 更多开发者文档，包括用于设置git预提交钩子的附加make目标。cc8abb6，问题209

  • README的小幅改进（感谢Martin Čech）b53006d

  • 解决shed操作错误处理问题（感谢Martin Čech）。Pull Request 203，Pull Request 206

  • 修复“智能”shed_diff不在仓库根目录中的问题（感谢Peter Cock）。Pull Request 207，问题205

  • 递归的shed_diff目录，这些目录尚未在Tool Shed中。Pull Request 208

  • 改进对有问题的--shed_target值进行错误处理和报告。问题217

  • 修复lint消息中的错别字。问题211

0.11.1 (2015-05-12)

  • 修复planemo lint的默认行为，如果未提供显式路径，则使用当前目录。1e3668a

0.11.0 (2015-05-12)

  • 为.shed.yml文件定义多个自定义包含项的更紧凑语法 - 感谢Peter Cock。问题180，Pull Request 185，Pull Request 196

  • 在定义.shed.yml中的自定义包含项时防止不明确的 destinations - 感谢Peter Cock。Pull Request 186

  • lint现在如果工具ID包含空格则发出警告。Pull Request 190

  • 在较旧的Python版本上优雅地处理空的tar包 - 感谢Peter Cock。Pull Request 187

  • 调整cp命令中的引号 - 感谢Peter Cock。6bcf699

  • 修复导致在特定情况下测试不再产生“美观”测试结果的回归问题。问题188

  • 修复递归shed_diff文件夹命名的错误。问题192

  • 修复对tool_init命令的输出定义。问题189

0.10.0 (2015-05-06)

  • 扩展shed_lint以检查tool_dependencies.xml文件中的有效操作。8117e03

  • 扩展shed_lint以根据仓库类型检查所需文件。问题156

  • 在shed_upload期间忽略常见的编辑器备份文件。问题179

  • 修复从PyPI安装源时缺失的文件。问题181

  • 修复lint以验证data输入指定了format属性。8117e03

  • 文档字符串修复感谢@peterjc。fe7ad46

0.9.0 (2015-05-03)

  • 感谢来自 puradesign.cz 的 @petrkadlec 和来自 Galaxy Project 的 @carlfeberhard 为 README 添加新标志。 问题 108

  • 实现更智能的 shed_diff 命令 - 现在它会产生有意义的退出码，并且不会报告由 Tool Shed 自动填充的属性差异。 问题 167

  • 使用新的更智能的 shed_diff 代码为 shed_upload 实现新的 --check_diff 选项 - 在更新仓库之前检查有意义的不同。 问题 168

  • 如果 .shed.yml 位于 git 仓库中，则在 shed_upload 期间记录 git 提交哈希值。 问题 170

  • 允许 shed_ 操作直接操作 git URL。 问题 169

  • 如果在 .shed.yml 仓库解析期间遇到缺少文件包含语句，则失败 - 由 @peterjc 报告的错误。 问题 158

  • 改进工具 shed 操作的异常处理，包括新的 --fail_fast 命令行选项。 * 问题 114，Pull Request 173

  • 使用 shed_init 命令时实施更多验证。 1cd0e2d

  • 将 -r/--recursive 选项添加到 shed_download 和 shed_diff 命令中，并允许这些命令与定义多个仓库的 .shed.yml 文件一起工作。 40a1f57

  • 将 --port 选项添加到 serve 和 tool_factory 命令。 15804be

  • 修复在 0.9.0 开发周期中由 setup.py 引入的问题 - 感谢 @peterjc。 Pull Request 171

  • 修复 0.9.0 开发周期中引入的克隆错误 - 感谢 @bgruening。 Pull Request 175

0.8.4 (2015-04-30)

0.8.3 (2015-04-29)

  • 修复 shed_lint 不尊重 -r/--recursive 标志的 bug。 9ff0d2d

  • 修复 planemo 生成与 Tool Shed 不兼容的 tar 文件的 bug，用于包和套件仓库。 a2ee135

0.8.2 (2015-04-29)

0.8.1 (2015-04-28)

  • 对源分布进行了修复，以允许通过 Homebrew 安装 0.8.0 版本。

0.8.0 (2015-04-27)

  • 实现了新的 shed_lint 命令，该命令验证工具库存储库的各个方面，包括 repository_dependencies.xml 和 tool_dependencies.xml 文件的 XSD 验证、README 文件的最佳实践以及 .shed.yml 文件的内容。这需要 Planemo 或应用程序的 PATH 上有 lxml 库或 xmllint 应用。 Pull Request 130 Issue 89 Issue 91 912df02 d26929e 36ac6d8

  • 当使用新的 --xsd 标志执行 lint 时，可以选择启用基于 XSD 的工具验证。此验证与由 @JeanFred 维护的非官方 Galaxy Tool XSD 项目 进行。这需要 Planemo 可用 lxml 库或其 PATH 上有 xmllint 应用。 Pull Request 130 912df02

  • 使用新的 --skip 选项，在执行 lint 命令时允许跳过特定的 linters。 26e3cdb

  • 在 shed 操作（如 shed_upload）期间，实现了 .shed.yml 的复杂选项，可以将目录映射到多个自定义工具库存储库。包括自动将工具映射到它们的目录，并自动构建工具套件存储库。 Pull Request 143

  • 当构建 tar 文件时，使 shed_upload 更智能，以便包和套件存储库可以包含源控制中的 README 文件，在上传过程中将自动过滤掉。 53edd99

  • 实现了新的 shed_init 命令，该命令可以帮助在指定目录中初始化 .shed.yml 文件。 cc1a447

  • 将 shed_init 扩展到自动为 Galaxy 工作流程（.ga 文件）构建相应的 repository_rependencies.xml 文件。 Issue 118 988de1d

  • 除了单个文件或目录之外，还允许将多个文件传递给 lint。 343902d Issue 139

  • 为 shed_create 和 lint 命令添加 -r/--recursive 选项。请参阅 63cd431 和 01f2af9。

  • 改进了 shed_diff 命令的输出格式，并添加了将差异写入文件的选项。请参阅 965511d。

  • 修复了使用新的 Galaxy 测试功能（如预期作业失败和验证作业输出）时 lint 出现的问题。请参阅 问题 138。

  • 感谢首次贡献者 @pvanheus 修复了 test 帮助中的拼写错误。请参阅 Pull Request 129 和 1982076。

  • 修复了在 lint 工具时空 help 元素上的 NPE 问题。请参阅 问题 124。

  • 修复了在工具中定义 configfiles 时 lint 警告。请参阅 1a85493。

  • 修复了空 .shed.yml 文件的问题。请参阅 b7d9e96。

  • 修复了针对 nose 新版本 test 命令的问题。请参阅 33294d2。

  • 更新了帮助内容和文档，明确指出不应使用 normalize 来更新工具文件的当前内容。请参阅 08de8de。

  • 在 lint 工具时对未知 command 属性发出警告（除了 interpreter）。请参阅 4f61025。

  • 进行了各种设计、文档（包括关于工具库 发布 的新文档）和测试相关改进（在此发布周期中，测试覆盖率从 65% 提高到超过 80%）。

0.7.0 (2015-04-13)

  • 实现了 shed_create 命令，用于从 .shed.yml 文件创建工具库存储库（感谢 E. Rasche）。请参阅 Pull Request 101。

  • 允许在 shed_upload 时使用新的 --force_repository_creation 标志自动创建缺失的存储库（感谢 E. Rasche）。请参阅 Pull Request 102。

  • 在创建 shed_upload 的 tar 文件时，允许在 .shed.yml 中指定要排除的文件（感谢 Björn Grüning）。请参阅 Pull Request 99。

  • 在 shed_upload 构建 Tool Shed tar 文件时解析符号链接（感谢 Dave Bouvier）。请参阅 Pull Request 104。

  • 添加了 贡献者行为准则。请参阅 Pull Request 113。

  • 在 shed_upload 创建的 Tool Shed tar 文件中省略 tool_test_output.json（感谢 Dave Bouvier）。请参阅 Pull Request 111。

  • 将 bioblend 的要求版本更新到 0.5.3。修复了 问题 88。

  • 开始实现工具库功能测试用例的初步工作。请参阅 182fe57。

  • 修复了 HTML 测试报告中不正确的链接（感谢 Martin Čech）。请参阅 4c71299。

  • 从新的官方 Github 存储库下载 Galaxy。请参阅 7c69bf6。

  • 更新 travis_test，以便从 PyPI 安装稳定的 planemo。请参阅 39fedd2。

  • 默认开启在--install_galaxy上的缓存功能（使用--no_cache_galaxy禁用）。d755fe7

0.6.0 (2015-03-16)

  • 对工具构建文档进行了许多改进 - 包括对宏、集合、简单和条件参数等的描述

  • 修复了tool_init以引用文件名（感谢Peter Cock）。Pull Request 98。

  • 允许在.shed.yml中忽略文件模式（感谢Björn Grüning）。Pull Request 99

  • 将--macros标志添加到tool_init命令中，以便在工具生成过程中生成宏文件。ec6e30f

  • 添加了对工具XML文件中标签顺序的lint检查。4823c5e

  • 添加了对工具XML文件中stdio标签的lint检查。8207026

  • 更多测试，测试覆盖率大幅提高。0bd4ff0

0.5.0 (2015-02-22)

  • 实现--version选项。Issue 78

  • 为test和serve命令实现--no_cleanup选项以持久化临时文件。2e41e0a

  • 修复了未删除临时文件的bug。Issue 80

  • 对发布流程进行了更多改进。fba3874

0.4.2 (2015-02-21)

  • 修复了setup.py，以便从PyPI安装非Python数据（对于tool_factory命令和reStructuredText linting需要较新版本）。感谢Damion Dooley提供的bug报告。Issue 83

0.4.1 (2015-02-16)

  • 修复README.rst，以便在PyPI上正确渲染。

0.4.0 (2015-02-16)

  • 实现tool_init命令，用于启动新工具的创建（附带教程）。78f8274

  • 实现normalize命令，用于重新组织工具XML和宏调试。e8c1d45

  • 实现tool_factory命令，以便启动预配置的Galaxy Tool Factory。9e746b4

  • 添加了对command块的基本lint检查。b8d90ab

  • 改进了help块的lint检查，包括验证有效的reStructuredText。411a8da

  • 修复了与serve命令相关的bug，该命令在完成时未能正确终止Galaxy。53a6766

  • 使serve命令在顶级而不是在浅层部分显示工具。badc25f

  • 在setup.py中添加了额外的依赖项，以便更多的功能可以即开即用。85b9614

  • 修复与bioblend不可用相关的严重错误信息。问题70

  • 对文档和各种项目结构进行的改进。

0.3.1 (2015-02-15)

  • 修复以使PyPI工作流程正常运行。

0.3.0 (2015-02-13)

  • 为shed_upload命令添加选项（-r），以递归上传子目录（感谢E. Rasche）。拉取请求68

  • 修复测试报告中diff格式（感谢E. Rasche）。拉取请求63

  • 获取更新后的测试数据库以加快测试速度（感谢E. Rasche和Dannon Baker的方法）。问题61，dff4f33

  • 修复测试数据命令行参数名称（以前是test-data，现在是test_data）。834bfb2

  • 如果tool_data_table_conf.xml.test不可用，则使用tool_data_table_conf.xml.sample文件。应允许在不修改Galaxy的全局tool_data_table_conf.xml文件的情况下测试一些新工具。ac4f828

0.2.0 (2015-01-13)

  • 对Planemo加载其自己的Galaxy模块的方式进行了改进，以防止在从Planemo启动Galaxy时出现各种冲突。拉取请求56

  • 允许在~/.planemo.yml中设置各种测试输出选项并禁用JSON输出。21bb463

  • 一些实验性的Brew和Tool Shed选项，不应被视为Planemo的稳定API的一部分。有关更多信息，请参阅bit.ly/gxbrew1。

  • 修复针对BSD tar的project_init（感谢Nitesh Turaga提供的错误报告）。a4110a8

  • 针对工具linting命令的文档修复（感谢Nicola Soranzo）。拉取请求51

0.1.0 (2014-12-16)

  • 将仓库URL移至https://github.com/galaxyproject/planemo。

  • 支持发布到Tool Shed。拉取请求6

  • 支持生成本地仓库和Tool Shed之间的差异（基于Peter Cock的脚本）。拉取请求33

  • 如果可用，则使用工具的本地测试数据 - 添加配置test-data目标的选项。拉取请求1

  • 支持测试依赖于缓存数据的工具功能。44de95c

  • 支持生成XUnit工具测试报告。82e8b1f

  • 工具测试的更漂亮的HTML报告。05cc9f4

  • 实现share_test命令，以便在拉取请求中嵌入测试结果链接。拉取请求40

  • 在Tool Shed发布期间正确解析链接的修复（感谢Dave Bouvier）。拉取请求29

  • 针对引用linter的修复（感谢Michael Crusoe提供的错误报告）。af39061

  • 修复工具扫描少于10行的工具文件（感谢Dan Blankenberg）。 a2c13e4

  • 自动化更多的Travis CI测试，以便工具存储库中的脚本可以更小。 20a8680

  • 对Travis CI的文档进行修复（感谢Peter Cock）。 Pull Request 22，Pull Request 23

  • 各种文档修复（感谢Martin Čech）。 36f7cb1，b9232e5

  • 针对Docker支持、工具代码检查和文档的各种小修复。

0.0.1 (2014-10-04)

  • 项目的初始工作 - 测试、代码检查、提供Galaxy工具的命令 - 以及涉及Docker和Homebrew的更多实验性功能。 7d07782

项目详细信息

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这些详情已由PyPI验证
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未验证详情

这些详情尚未由PyPI验证
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