pimsviewer

这是PIMS（见下截图）的图形用户界面（GUI）。

此查看器基于PyQt5，并能够处理由PIMS打开的N维图像文件。

此外，它还包含一个插件基础设施，可用于扩展主要功能。

安装

Pimsviewer可以使用conda进行安装

conda install -c conda-forge pimsviewer

或者，也可以使用pip进行安装

pip install pimsviewer 

当安装最新源版本时，请始终使用pip进行安装（而不是使用python setup.py develop，这将导致PyQt的依赖项错误）

正常安装

pip install .

开发安装

pip install . -e

启动查看器

安装查看器后，将可用一个名为pimsviewer的可执行文件。只需通过您的终端/命令行界面运行该命令即可。

$ pimsviewer --help
Usage: pimsviewer [OPTIONS] [FILEPATH]
Options:
--example-plugins / --no-example-plugins
Load additional example plugins
--help                          Show this message and exit.

截图

示例

以下所有示例也作为examples文件夹中的脚本文件提供。通过运行pimsviewer --example-plugins，您可以预览以下使用的示例插件。

示例 00：从Python使用查看器

您可以在Python脚本中使用查看器如下

import sys
from pimsviewer import GUI
from PyQt5.QtWidgets import QApplication

filepath = 'path/to/file'

# Class names of extra plugins to add
plugins = []

app = QApplication(sys.argv)
gui = GUI(extra_plugins=plugins)
gui.open(fileName=filepath)
gui.show()

sys.exit(app.exec_())

示例 01：从Python使用查看器（更简短的方式）

或者，如果您不需要对实际对象的引用，只是想启动程序

from pimsviewer import run

run('path/to/file')

在这两种情况下，您可以省略文件路径。

示例 02：评估处理函数的影响

本例添加了一个处理函数，该函数可以向图像添加可调节的噪声量。噪声量可以通过滑块进行调节。

from pimsviewer import run
from pimsviewer.plugins import ProcessingPlugin

run('path/to/file', [ProcessingPlugin])

示例 03：在视频上标注特征

本例将通过 trackpy 获取的特征标注到视频中。用户通过 pandas DataFrame CSV 文件加载跟踪位置。

from pimsviewer import run
from pimsviewer.plugins import AnnotatePlugin

run('path/to/file', [AnnotatePlugin])

您的插件？

通过查看示例插件的代码，应该很容易扩展 pimsviewer 使用您自己的插件。如果您在编写自己的插件时遇到任何问题，请联系维护者。

作者

Pimsviewer 版本 1.0 由 Casper van der Wel 编写，从 2.0 版本开始由 Ruben Verweij 编写。