pims-nd2 1.1

安装

pims_nd2 在Windows、Linux和OSX系统上实现。要获取最新稳定版本，请通过PyPi安装

pip install pims_nd2

ND2 SDK的二进制文件包含在包中，并将复制到pims_nd2包文件夹中。

依赖关系

此阅读器需要 pims 版本 0.3.0。

示例

以下代码打开一个电影文件并显示一个帧。请注意，只有在必要时才会实际读取帧

from pims import ND2_Reader
frames = ND2_Reader('some_movie.nd2')
frames[82]  # display frame 82
frames.close()

以下代码打开包含在包中的多维度演示文件，并遍历前 3 个帧。请注意，我们在这里使用了一个上下文管理器。我们告诉阅读器要迭代哪个轴，以及在一个帧中包含哪些轴。我们还选择了要读取的通道。

from pims import ND2_Reader
with ND2_Reader('cluster.nd2') as frames:
    frames.iter_axes = 't'  # 't' is the default already
    frames.bundle_axes = 'zyx'  # when 'z' is available, this will be default
    frames.default_coords['c'] = 1  # 0 is the default setting
    for frame in frames[:3]:
        # do something with 3D frames in channel 1

最佳使用阅读器的方式是使用上下文管理器。如果您不使用上下文管理器，请确保在脚本末尾调用 frames.close()。

元数据访问可以在两个级别上进行：阅读器级别和帧级别。

frames.metadata['mpp']  # calibration in microns per pixel
frames[0].metadata['t_ms']  # time of frame in milliseconds

支持资金

此阅读器由 Casper van der Wel 开发，作为他在荷兰莱顿大学物理学研究所 Huygens-Kamerlingh-Onnes 实验室 Daniela Kraft 组的博士论文工作的一部分。这项工作得到了荷兰科学研究组织（NWO/OCW）的支持。