用于处理活性叶绿素荧光数据的工具和实用程序。
项目描述
浮游植物光合生理学工具
这是一个读取和处理原始格式的活性叶绿素荧光数据的工具，并应用Kolber等人（1998年）的生物物理模型。更多信息请参阅文档和演示文件。以下是如何使用数据读取和处理变量的简短示例。
示例用法
此包旨在在交互式环境中使用 - 理想情况下是JuPyTer笔记本
import phyto_photo_utils as ppu
fname = '/path_to_data/data'
output = '/output_path'
# Load all variables needed for fitting saturation and relaxation models
df = ppu.load_FASTTrackaI_files(fname, append=False, save_files=True, res_path=output, seq_len=120, irrad=545.62e10)
# Perform a calculate ro saturation model fit on the data
sat = ppu.fit_saturation(pfd, flevel, seq, datetime, blank=0, sat_len=100, skip=0, model_type='calc_ro', bounds=True, ro_lims=[0.01,1.0], sig_lims =[100,2200])
# Perform a single decay relaxation model fit on the data
rel = ppu.fit_relaxation(flevel, seq_time, seq, datetime, blank=0, sat_len=100, rel_len=40, model_type='single', bounds=True, tau1_lims=[100, 50000])
# Perform time averaging (5 minute averages) on raw transients, including the removal of outliers (mean + stdev * 3)
dfm = ppu.remove_outlier_from_time_average(df, time=5, multiplier=3)
# Correct for FIRe instrument detector bias
dfb = ppu.correct_fire_instrument_bias(df, sat=False, pos=1, sat_len=100)
# See the demo file for more info
关于
这项工作得到了CSIR的资助。这项研究部分得到了澳大利亚政府通过澳大利亚研究理事会发现项目资金计划（DP160103387）的支持。
- 版本：1.6.4
- 作者：Thomas Ryan-Keogh, Charlotte Robinson
- 电子邮件：tjryankeogh(at)gmail.com
- 日期：2018-12-06
- 机构：科学工业研究委员会，科廷大学
- 研究小组：南方海洋碳-气候观测站（SOCCO），遥感与卫星研究组
请使用https://integrity.mit.edu/handbook/writing-code上提供的指南来引用此代码。
示例引用：来源：phyto_photo_utils [https://gitlab.com/tjryankeogh/phytophotoutils] 在2019年5月30日检索。
包结构
注意：此包结构由__init__.py文件定义
- 加载
- load_FIRe_files
- load_FASTTrackaI_files
- load_FastOcean_files
- load_LIFT_FRR_files
- 饱和度
- fit_saturation
- relaxation
- fit_relaxation
- 工具
- remove_outlier_from_time_average
- correct_fire_instrument_bias
- calculate_blank_FastOcean _ calculate_blank_FIRe
- spectral_correction
- calculate_chl_specific_absorption
- calculate_instrument_led_correction
- etr
- calculate_amplitude_etr
- plot
- plot_saturation_data
- plot_relaxation_data
- plot_fluorescence_light_curve
- equations
- fit_kolber_nop
- 计算残余饱和度_nop
- 拟合Kolber_p
- 计算残余饱和度_p
- 拟合单弛豫
- 计算残余单弛豫
- 拟合三弛豫
- 计算残余三弛豫
- 计算α模型
- 计算残余etr
- 计算修正α模型
- 计算残余phi
- 计算β模型
- 计算残余β
- 计算修正β模型
- 计算残余mbeta
- 计算偏差
- 计算RMSE
- 计算NRMSE
- 计算拟合误差
- 拟合
- 拟合kpf饱和度
- 拟合kpf弛豫
致谢
- Kevin Oxborough（切尔西技术集团）为估计Fo和Fm的线性方法
待办事项
- 添加PSII计算。PFD（每平方米微摩尔量子秒）* sigmaPSII（每平方米PSII-1）。
- 添加读取FastTracka I二进制文件的功能
- 添加三弛豫的逆卷积方法
- 添加CTG LabSTAF的额外加载方法
- 添加拟合饱和度和弛豫的功能
- 检查拟合定义是否与SOP术语一致。
