PhyloVega

使用Python在Vega中可视化系统发育树。

由Vega驱动的Python声明性树可视化。

声明性语法

from phylovega import TreeChart

# Construct Vega Specification
chart = TreeChart.read_newick(
    'tree.newick',
    height_scale=200,

    # Node attributes
    node_size=200,
    node_color="#ccc",

    # Leaf attributes
    leaf_labels="id",

    # Edge attributes
    edge_width=2,
    edge_color="#000",
)

chart.display()

交互式树

使用Vega语法

它是如何工作的？

PhyloVega定义了一个Vega语法（特别是，一组转换）来绘制系统发育树。

为什么？

Python需要一款简单、交互式的系统发育树查看器。Vega在这里做了大部分重工作。PhyloVega只是利用了Vega转换规范来构建交互式可视化。

正在进行中

以下是最终将进入PhyloVega的功能列表。

• 更多交互性
• 可折叠的枝系。
• 环形树
• ... (欢迎添加到这个列表中)。

安装

使用pip获取最新版本

pip install phylovega

通过克隆此存储库并调用安装开发版本

pip install -e .

依赖关系

PhyloVega使用Vega4规范。它与JupyterLab无缝工作。

• JupyterLab: 新一代Jupyter笔记本。
• PhyloPandas: 适合系统发育学的Pandas DataFrame