Phenopacket Store Toolkit

Phenopacket Store Toolkit是一个Python包和CLI，用于管理Phenopacket Store，这是一个代表具有孟德尔病的个体的GA4GH Phenopacket集合。

该工具包有助于发布和Q/C流程，并简化从下游应用程序访问Phenopacket Store数据的操作。

可用性

Phenopacket Store Toolkit可以从Python包索引（PyPi）安装

python3 -m pip install phenopacket-store-toolkit

示例

访问Phenopacket Store

该工具包简化了下载和加载集合数据的操作。The PhenopacketStoreRegistry API将发布ZIP文件缓存到本地（默认情况下在$HOME/.phenopacket-store），并简化了加载

from ppktstore.registry import configure_phenopacket_registry

registry = configure_phenopacket_registry()

with registry.open_phenopacket_store(release="0.1.18") as ps:
   phenopackets = list(ps.iter_cohort_phenopackets("SUOX"))

assert len(phenopackets) == 35

代码检查Phenopacket Store版本0.1.18的发布ZIP文件是否已经本地可用，并在必要时下载发布ZIP文件。接着以ps打开存储并加载所有SUOX集合的phenopackets。

我们使用Python上下文管理器确保正确关闭ZIP文件句柄。ps 不能在上下文管理器块外使用。

作为使用特定Phenopacket Store版本的一种替代方案，如果省略了release参数，将使用最新的版本。

制作Phenopacket Store版本

该版本由工具包的命令行界面（CLI）处理。

版本功能需要额外的依赖项，这些依赖项将通过添加release配置文件自动安装。

python3 -m pip install phenopacket-store-toolkit[release]

现在，假设notebooks指向Phenopacket Store仓库的笔记本文件夹，我们可以通过运行以下命令进行质量保证/控制（Q/C）phenopackets：

python3 -m ppktstore qc --notebook-dir notebooks

然后，我们可以通过运行以下命令创建版本存档：

python3 -m ppktstore package --notebook-dir notebooks --release-tag 0.1.18 --output all_phenopackets

这将找到notebooks文件夹中的所有phenopackets，将它们复制到名为0.1.18的顶层目录中，并将目录ZIP成all_phenopackets.zip。

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