pepsyn

肽库设计

安装

pepsyn是为Python 3.6+开发的，需要biopython。CLI使用click。

pip install pepsyn

或对于最新开发版本

git clone https://github.com/lasersonlab/pepsyn.git
cd pepsyn
python setup.py install

运行测试

py.test

用法

pepsyn可以作为库使用，也附带CLI。

主要的CLI命令是pepsyn，它可以通过指定-作为输入或输出从stdin和stdout读取。输入和输出文件是FASTA格式。

$ pepsyn -h
Usage: pepsyn [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

  pepsyn -- peptide synthesis design

Options:
  -h, --help  Show this message and exit.

Commands:
  prefix      add a prefix to each sequence
  recodesite  remove site from each sequence's CDS by...
  revtrans    reverse translate amino acid sequences into...
  stats       compute some sequence statistics
  suffix      add a suffix to each sequence
  tile        tile a set of sequences

例如，要平铺一组序列，请使用pepsyn tile命令。每个子命令都有其自己的帮助信息及相关选项。

$ pepsyn tile -h
Usage: pepsyn tile [OPTIONS] INPUT OUTPUT

  tile a set of sequences

Options:
  -l, --length INTEGER   Length of output oligos
  -p, --overlap INTEGER  Overlap of oligos
  -h, --help             Show this message and exit.

命令可以相互管道。（注意：stdin和stdout用-表示。）

cat pepsyn/tests/proteins.fasta \
    | pepsyn tile -l 10 -p 3 - - \
    | pepsyn revtrans - - \
    | pepsyn prefix -p ACGGG - - \
    | pepsyn suffix -s TGCTG - - \
    | pepsyn recodesite --site EcoRI --clip-left 5 --clip-right 5 - -