peanut 1.3.7

要求

• POSIX兼容的操作系统（例如Linux、MacOS X、FreeBSD）

• 带有最新专有驱动程序且至少有1.5GB RAM的NVIDIA GPU（这可能在AMD驱动程序变得更加成熟时发生变化）

• Python >= 3.2

• Numpy >= 1.7

• Cython >= 0.19

• PyOpenCL >= 2013.1

安装

如果尚未安装，您将需要专有NVIDIA驱动程序、Python3、setuptools、Cython、Numpy和PyOpenCL。在Ubuntu或Debian基于的系统上，可以使用以下命令安装NVIDIA驱动程序

$ sudo apt-get install nvidia-current

需要管理员权限。有管理员权限时，您应通过以下命令安装setuptools、Cython和Numpy

$ sudo apt-get install python3-setuptools python3-numpy cython

没有管理员权限时，您可以使用类似于https://store.continuum.io/cshop/anaconda的用户空间Python 3发行版。

您可以使用setuptools提供的easy_install3工具安装PEANUT。所有缺少的依赖项将自动安装

$ easy_install3 --user peanut

从setup.py手动安装时，只需执行以下命令

$ python3 setup.py install --user

要更新PEANUT，请执行

$ easy_install3 -U peanut --user

用法

PEANUT将以命令行工具的形式提供。要索引参考基因组genome.fasta，请执行以下命令

$ peanut index genome.fasta genome.index.hdf5

要将成对末端读数reads.1.fastq和reads.2.fastq映射到已索引的参考基因组上，使用以下调用

$ peanut map --threads 8 --insert-size 200 --insert-size-error 50 genome.index.hdf5 reads.1.fastq reads.2.fastq | samtools view -Sb - > mapped.bam

这里，预期插入大小为200，容忍度为50。定义预期插入大小是PEANUT能够正确检测成对读数所必需的。在这里设置错误的插入大小可能会导致性能下降，因为PEANUT将通过执行额外的比对来尝试挽救未正确配对的读数。如所见，PEANUT以SAM格式输出命中结果。因此，输出需要通过samtools转换为BAM文件。

默认情况下，PEANUT会报告读数的最佳命中和所有同等效果的命中。或者，可以配置PEANUT报告所需数量的同等效果命中的层次结构

$ peanut map --strata <N> ...

这里，N是所需层次结构的数量，其中N=all告诉PEANUT报告读数的所有命中，直到给定的错误容忍度。

PEANUT在GPU和CPU内存中缓冲读数和命中。PEANUT的默认缓冲设置针对至少有1.5GB内存的GPU和16GB内存的CPU进行了优化（但8GB也足够）。您可以降低这两个缓冲区大小以适应较弱的系统，例如

$ peanut map --read-buffer 100000 --hits-buffer 500000 ...

然而，这可能会降低性能，因为GPU上的并行性受到的影响。有关进一步的帮助，请执行

$ peanut --help

或访问http://peanut.readthedocs.org。

常见问题解答

以下问题可能具有普遍兴趣。

• PEANUT的资源需求是什么？

  使用默认设置，它需要16GB的RAM用于CPU和一个具有1.5GB RAM的不错的NVIDIA GPU。

• 一次可以映射多少个读数？

  默认情况下，PEANUT每次映射一百万个读数。对于成对末端，每端映射五十万个。这会影响使用的内存量，并且可以根据上述内容进行调整。

• 您如何决定要报告哪个命中是正确的？

  与参考的百分比同源性最高的命中被报告为最佳命中。对于成对末端读数，正确配对的同源性百分比会相加以做出此决定。如果没有正确配对的命中，PEANUT会尝试在给定的预期插入大小内进行比对，以挽救最佳命中的配对。在报告多个命中时，它们会被排序到同等得分的层次结构中，并报告给定的层次结构数量（见上文）。

• 我想修改PEANUT。我该如何开始？

  您可以下载源代码或从Git中检出（见上文）。然后修改您想要的内容，并执行以下命令，指示Python自动重建和安装所有更改的内容

  $ python3 setup.py install

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