将PDB文件加载到rdkit中,并包含非标准残基
项目描述
PDBInf允许您使用RDKit读取PDB文件,并从.cif(PDBx)模板文件分配键级。
# provide a PDBx defining the TPO nonstandard residue
nonstandard_residues = gemmi.cif.read('./tpo.cif')
# load a PDB file using the built-in standard amino acid doc and providing information on the nonstandard residues
pdbinf.load_pdb_file('./tpo.pdb', templates=[pdbinf.STANDARD_AA_DOC, nonstandard_residues])
项目详情
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源分布
pdbinf-0.0.4.tar.gz (131.1 kB 查看散列值)
构建分布
pdbinf-0.0.4-py3-none-any.whl (139.6 kB 查看哈希值)