使用SQL查询的PDB解析器
项目描述
PDB2SQL
pdb2sql是一个Python包，它利用SQL查询来解析、操作和处理PDB文件。它提供了
- 一个强大的
pdb2sql对象，用于将PDB数据转换为SQL数据库 - 结构转换函数（旋转、平移...）
- 有用的功能
- 计算结构界面（接触原子和残基）
- 计算结构相似度（iRMSD、lRMSD、FNAT、DockQ...）
安装
pip install pdb2sql
文档
该软件包的文档以及小型教程可在此处找到
快速示例
pdb2sql可以轻松地将PDB文件加载到对象中。加载后，可以使用SQL查询解析数据。为了便于采用该工具，已经开发了一些简单的方法来包装SQL查询。例如，要从所有非VAL和LEU残基中获取链A中所有碳、氮和氧原子的位置，可以使用
from pdb2sql import pdb2sql
pdb = pdb2sql('1AK4.pdb')
atoms = pdb.get('x,y,z',
name = ['C','N', 'O'],
no_resName = ['VAL','LEU'],
chainID = 'A')
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源分布
pdb2sql-0.5.3.tar.gz (398.1 kB 查看哈希值)
构建分布
pdb2sql-0.5.3-py3-none-any.whl (414.2 kB 查看哈希值)
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pdb2sql-0.5.3.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 51e882cf0326130b4cd7223692350aa027e6be5141c85cad471da5df9d7fa7dd |
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| MD5 | 4032cebb21b5500f9c9fcb63ad4f5964 |
|
| BLAKE2b-256 | aa3107e1df2f3dab42f6928f2dd80e4c6d310c9edcc3c258161917ab98369e11 |
关闭
pdb2sql-0.5.3-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 142b0aa80dc709a13818c0f2d14640342f5678562b56b5b6579c6979323b8a84 |
|
| MD5 | d2d9bb4b02091aa8720b72ad6d70f733 |
|
| BLAKE2b-256 | bdeedde3a62bb6cc57ab8f81c48bd263037cd56ab534b641e76d6f726207698a |