PDB文件的瑞士军刀。
项目描述
pdb-tools
用于操作和编辑PDB文件的瑞士军刀。
寻找其他pdb-tools?
Harms实验室维护了一组也称为pdbtools的工具，它们执行略微不同的功能集。您可以在这里找到它们。
关于
操作PDB文件通常很痛苦。提取特定的链或残基集合、重新编号残基、分割或合并模型和链，或者确保文件符合PDB规范等任务，都是可以使用任何 decent解析库或图形界面完成的示例。然而，这些通常需要1）脚本知识，2）时间，以及3）安装一个或多个程序。
pdb-tools 是为了处理 PDB 格式而设计的瑞士军刀。它们没有外部依赖，除了显然的 Python 编程语言。它们是一系列古老的 FORTRAN77 程序的后代，这些程序的一个特殊优势是能够处理流，即一个脚本的输出可以被传递到另一个脚本中。由于 FORTRAN77 也相当麻烦，我将它们重写为 Python 并添加了一些额外的实用工具。
脚本的设计哲学很简单：一个脚本，一个任务。如果您想完成两件事，可以将脚本管道连接起来。对于新脚本的需求将被考虑 - 使用 Issues 按钮，或者自己编写并创建 Pull Request。
安装说明
pdb-tools 可在 PyPi 上找到，可以通过 pip 进行安装。这是推荐的方式，因为它使得更新/卸载变得相当简单。
pip install pdb-tools
由于我们在 pdb-tools 的开发中使用了语义版本控制，每个错误修复或新功能都会导致软件的新版本发布，该版本会自动发布在 PyPI 上。因此，GitHub 上的代码与您可以使用 pip 安装的最新版本之间没有区别。要将您的安装更新到最新版本的代码，请运行
pip install --upgrade pdb-tools
我能用它们做什么？
工具的名称应该是自解释的。它们的命令行界面也非常一致。因此，这里有一些示例来帮助您入门
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下载结构
pdb_fetch 1brs > 1brs.pdb # 6 chains pdb_fetch -biounit 1brs > 1brs.pdb # 2 chains
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重新编号结构
pdb_reres -1 1ctf.pdb > 1ctf_renumbered.pdb
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选择链
pdb_selchain -A 1brs.pdb > 1brs_A.pdb pdb_selchain -A,D 1brs.pdb > 1brs_AD.pdb
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删除氢原子
pdb_delelem -H 1brs.pdb > 1brs_noH.pdb
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选择骨架原子
pdb_selatom -CA,C,N,O 1brs.pdb > 1brs_bb.pdb
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选择链，删除 HETATM，并生成有效的 PDB 文件
pdb_selchain -A,D 1brs.pdb | pdb_delhetatm | pdb_tidy > 1brs_AD_noHET.pdb
注意：在 Windows 上，工具将具有 .exe 扩展名。
我不能用它们做什么？
涉及坐标或数值计算的运算通常不在 pdb-tools 的范围内。请使用适当的库，这将更快且可扩展。此外，尽管我们提供了 mmCIF<->PDB 转换器，但我们不支持超过 99999 个原子或 9999 个残基的单链大型 mmCIF 文件。如果您尝试使用这些工具处理这样的分子，我们的工具将发出警告。
引用
我们最终决定撰写一份小型出版物来描述这些工具。如果您在将要出版的项目中使用了它们，请引用我们。
Rodrigues JPGLM, Teixeira JMC, Trellet M and Bonvin AMJJ.
pdb-tools: a swiss army knife for molecular structures.
F1000Research 2018, 7:1961 (https://doi.org/10.12688/f1000research.17456.1)
如果您使用支持 BibTex 的引用管理器，请使用此记录
@Article{ 10.12688/f1000research.17456.1,
AUTHOR = { Rodrigues, JPGLM and Teixeira, JMC and Trellet, M and Bonvin, AMJJ},
TITLE = {pdb-tools: a swiss army knife for molecular structures [version 1; peer review: 2 approved]
},
JOURNAL = {F1000Research},
VOLUME = {7},
YEAR = {2018},
NUMBER = {1961},
DOI = {10.12688/f1000research.17456.1}
}
要求
pdb-tools 应该在 Python 2.7+ 和 Python 3.x 上运行。我们在 Python 2.7、3.6 和 3.7 上进行了测试。没有依赖项。
从源代码安装
下载 zip 存档或使用 git 克隆存储库。我们建议使用 git 方法，因为它使得更新工具变得极其简单。
# To download
git clone https://github.com/haddocking/pdb-tools
cd pdb-tools
# To update
git pull origin master
# To install
python setup.py install
贡献
如果您想为 pdb-tools 的开发做出贡献，提供错误修复或新的工具，请阅读我们的 CONTRIBUTING 指令 此处。
许可证
pdb-tools 是开源的，并受 Apache 许可证，版本 2.0 的许可。有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件。
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于 安装包 的信息。