PBGA

PacBio 基因组分析 Python 工具包。

安装

代码可在PyPi找到，因此您可以使用pip进行安装。

pip install pbga

连接到PBGA数据库

PBGA数据库是H2数据库，因此主要用于与Java一起使用。如果本地计算机上已安装Java，并且本地计算机运行类UNIX操作系统（抱歉，Windows用户），则我们可以从Python连接到数据库。

• Java已安装在本地计算机上
• 本地计算机运行类UNIX操作系统（抱歉，Windows用户）

然后

from pbga import H2DbManager

with H2DbManager("path/to/sv_database.mv.db", 
                 user="sa", 
                 password="sa") as h2:
    with h2.get_connection() as conn:
        with conn.cursor() as cur:
            # do whatever you want
            cur.execute('SELECT * FROM PBGA.CLINGEN_TRIPLOSENSITIVITY;')
            for i, x in zip(range(5), cur.fetchall()):
                # print first 5 lines 
                print(x)

使用Jannovar VariantEffect函数

我们可以访问Jannovar VariantEffect枚举的值

import pbga.effects as pe 

ve = pe.VARIANT_EFFECTS #  get tuple with all variant effects

p = pe.get_priority('MISSENSE_VARIANT') # returns 21

快速设置Python logging框架

设置Python logging框架可能有些繁琐。这里有一个小的辅助函数

from pbga.utils import setup_logging

# set level to INFO, create a `main.log` file use nice log message format  
setup_logging()  

限制

• 在python>=3.6.8下进行了测试