PathSimAnalysis

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使用路径度量（如豪斯多夫距离和弗雷歇距离）计算分子动力学轨迹的几何相似性。

PathSimAnalysis受行为准则约束。

从包中安装

使用conda-forge中的conda

请确保您已安装conda。

您可以从conda-forge通道使用以下方式安装pathsimanalysis：

conda install -c conda-forge pathsimanalysis

或者如果您已安装mamba，也可以使用它来安装

mamba install -c conda-forge pathsimanalysis

从PyPI安装

PathSimAnalysis的最新版本可在PyPI上找到，并可以使用以下命令安装：

pip install pathsimanalysis

从源码安装

要从源码构建PathSimAnalysis，我们强烈建议使用虚拟环境。如果可能，我们强烈建议您使用Anaconda作为您的包管理器。以下提供了针对conda和pip的说明。

使用conda

请确保您已安装conda。

创建并激活虚拟环境

conda create --name pathsimanalysis
conda activate pathsimanalysis

安装开发和文档依赖项

conda env update --name pathsimanalysis --file devtools/conda-envs/test_env.yaml
conda env update --name pathsimanalysis --file docs/requirements.yaml

从源码构建此包

pip install -e .

如果您想更新依赖项（这可能会存在风险！），请运行

conda update --all

完成操作后，您可以使用以下命令退出虚拟环境：

conda deactivate

使用pip

要从源码构建包，请运行

pip install .

如果您想创建一个开发环境，请使用以下命令安装测试和文档所需的依赖项：

pip install ".[test,doc]"

版权

PathSimAnalysis的源代码托管在https://github.com/MDAnalysis/pathsimanalysis，并可在GNU通用公共许可证第二版下使用（见文件LICENSE）。

版权（c）2023，MDAnalysis

致谢

本项目基于MDAnalysis Cookiecutter版本0.1。当在发表的著作中使用PathSimAnalysis时，请引用MDAnalysis。