PathMe的一个插件，允许探索通路数据库之间的重叠
项目描述
这个网络应用程序旨在简化查询、浏览和导航以生物表达式语言（BEL）形式化的通路知识。虽然它是与PathMe并行构建的，但为了方便探索此包协调的数据库，PathMe Viewer支持BEL文件的可视化。BEL文件可以存储在PathMe Viewer的数据库中，并在主页上进行查询。在此页面上，用户可以选择多个BEL文件（通路），并通过多个内置功能以用户友好的方式渲染相应的合并网络。
该网络应用程序可通过http://pathme.scai.fraunhofer.de/公开访问，但可以使用Docker或PyPI本地部署（请参阅安装/部署部分）。
引用
如果您在您的工作中使用了PathMe，请引用[1]
使用方法
通过这个网络应用探索通路非常简单。首先，从不同的数据库中选择一组通路。要选择通路，首先选择数据库，自动完成表单将引导您找到感兴趣的通路。选择好通路后，点击“探索”按钮，将显示对应所选通路的合并网络。
生成的网络将在下一页中可视化，其中多个功能可用来探索通路。
安装 
您可以从PyPI轻松安装PathMe，在终端运行以下代码
$ python3 -m pip install pathme_viewer或从GitHub上的最新代码进行安装
$ python3 -m pip install git+https://github.com/ComPath/PathMe-Viewer.git@master数据库
要使用viwer可视化BEL文件，您必须将它们加载到数据库中。以下命令用于加载由PathMe转换的数据库（请注意，第一次运行可能需要几个小时）。此外，用户可以自定义导入其他bel文件或数据库（请参阅文档页面）。
python3 -m pathme_viewer manage load要检查数据库状态，可以运行
python3 -m pathme_viewer manage summarize可以通过运行以下命令删除数据库内容
python3 -m pathme_viewer manage drop部署
如果您已将PathMe-Viewer作为Python包安装，并且已经填充了数据库，现在您可以运行以下命令来部署Web应用程序
python3 -m pip install pathme_viewer web注意，数据库默认在以下端口运行：http://0.0.0.0:5000/。可以通过更改默认参数（运行：“python3 -m pathme_viewer web –help”获取更多信息）来修改Flask的主机和端口。
使用Docker部署PathMe Viewer
要快速本地部署Web应用程序，您也可以使用Docker。安装Docker后，可以运行以下命令来实现。
构建名为‘pathme’的容器，版本0.0.1（您必须在使用Git克隆此包后的根目录中）。
docker build -t pathme:0.0.1 .运行名为pathme的容器，版本0.0.1。
docker run --name=pathme -d -p 5000:5000 --restart=always -d pathme:0.0.1注意：docker文件旨在在http://127.0.0.1:5000/上运行。如果您想更改主机/端口，请修改dockerfile（第55行）和src/bin/bootstrap.sh（第23行）。
pathme_viewer-0.0.9.tar.gz的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 674a0255a980fc6b5410380fdaf2ef0be58cf4290e2dc5e327922a7378420eef |
|
| MD5 | ca8d01cb03fbbea9c2b494f3edd6f140 |
|
| BLAKE2b-256 | 15b186690d51c6e2bc87721011440c8bb2c6a3d771565131f2d793c4b2d8d725 |