使用生物表达语言（BEL）协调通路数据库
项目描述
PathMe是一个Python包，旨在将KEGG [2] [3] [4]、Reactome [5] [6] 和 WikiPathways [7] [8] [9] 转换为生物表达语言（BEL）。
本项目是ComPath Web应用程序的延续，旨在从基因中心视角探索、分析和整理通路知识。这种不同的方法涉及将这些资源中的所有通路转换为BEL作为关键集成方案，以协调跨多个资源中的实体和关系；从而，使对通路交叉、共识和边界的评估更加全面。此外，PathMe还配备了PathMe-Viewer，这是一个Web应用程序，通过友好的可视化辅助查询、浏览和导航通路知识。
数据库版本
PathMe目前使用以下数据库版本
KEGG：最新版本（KEGG没有对其发布进行标记）
Reactome：第67次发布
WikiPathways：2020年3月发布
引用
如果您在工作中使用了PathMe，请考虑引用以下内容
安装 
pathme 可以直接使用pip从PyPi安装
$ python3 -m pip install pathme要使用最新版本，请直接从GitHub安装
$ python3 -m pip install git+https://github.com/PathwayMerger/PathMe.git或以可编辑模式使用
$ git clone https://github.com/PathwayMerger/PathMe.git
$ cd pathme
$ python3 -m pip install -e .使用方法
在使用PathMe之前，请确保您已经安装并填充了Bio2BEL HGNC和Bio2BEL ChEBI数据库（简单运行：“python3 -m bio2bel_hgnc populate”和“python3 -m bio2bel_chebi populate”）到您喜欢的终端。
每个数据库都有三个主要命令：download、bel和summarize
下载内容
PathMe首先需要从原始通路数据库下载原始文件。这可以通过运行以下命令完成（“数据库”可以是KEGG、Reactome或WikiPathways）。例如，python3 -m pathme kegg download
$ python3 -m pathme <database> download生成BEL图形
一旦下载了原始文件，您就可以运行以下命令来生成BELGraphs，这些图形将被导出为Python pickles文件以进行进一步分析。此外，可以通过使用特定命令对每个数据库进行不同的BEL转换。例如，运行“python3 -m pathme kegg bel –help”时将显示KEGG参数。请注意，由于Reactome的RDF文件量很大，将其文件转换为BEL可能需要长达8小时。
$ python3 -m pathme <database> bel总结
总结了转换到BEL的结果。
$ python3 -m pathme <database> summarize高级参数
KEGG功能
PathMe的KEGG模块能够根据目标以不同方式处理KGML。默认情况下，KEGG将节点复合体（例如，基因家族）组合成一个节点，就像在KEGG卡通中显示的那样，并在KGML文件中表示。但是，可以通过在导出命令中添加参数–flatten=True来修改此行为。示例
$ python3 -m pathme kegg bel --flatten导出PathMe
运行以下命令以查看您可以导出PathMe的不同格式（例如，CX、SPIA等）
$ python3 -m pathme export --help免责声明
PathMe是一个在学术能力下开发的科学软件，因此不提供任何保证或维护、支持或数据备份的保证。
参考文献
KEGG
PathMe使用KEGG KGML文件，这些文件通过KEGG API用于学术目的下载（请确保您遵守其条款和条件）。
Reactome
WikiPathways
pathme-0.1.13.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a2d7b2810344e3ab807a2fc6151a84977c3b31b0c6671b859bc3c8539f6ecf2f |
|
| MD5 | 18f7e09b2e0de609af0acdc9f062c852 |
|
| BLAKE2b-256 | d6e4c65ebc957c7dc826610b615ec53266718de1ce4247715f13e977c070ca31 |