oxli是一个用于在基因组测序数据中计数k-mer的Rust库和Python接口。
项目描述
oxli
oxli是一个功能强大的Rust库,它提供了一个简单的Python接口,用于在基因组测序数据中计数k-mer。
使用oxli将快速k-mer计数和比较操作带给您的Python项目。
该库是基于sourmash rust库编写的,底层数据处理代码经过良好测试。
安装
快速设置
oxli在conda-forge上可用,支持Linux、Mac OS X和Windows,适用于Python 3.10、3.11和3.12版本。
conda install oxli
这将安装Python的oxli库。
对于开发者
您也可以尝试自行构建oxli并在开发模式中使用它
# Setup conda development env
mamba env create -f environment.yml -n oxli
# Install oxli in dev mode
pip install -e '.[test]'
入门指南
有关Python API的文档,请参阅oxli Wiki。
基本用法
初始化一个新的KmerCountTable
# Import oxli
from oxli import KmerCountTable
# Create new count table
kct = KmerCountTable(ksize=4) # Count 4-mers
添加k-mer计数。
# Add single k-mer with count()
kct.count("AAAA")
>>> 1
# Increment count
kct.count("AAAA")
>>> 2
# Forward and Reverse complement counted together
kct.count("TTTT")
>>> 3
# Add many k-mers from a longer sequence with consume
kct.consume("GGGGGGGGGG") # 7 x 4-mers of 'GGGG'
通过k-mer查找计数。
# Retrieve kmer counts
kct.get('GGGG') # Count for GGGG/CCCC
>>> 7
kct.get('AAAA') #Count for AAAA/TTTT
>>> 3
从文件中提取k-mer。
# Screed for FASTA/FASTQ parsing
import screed
# Create new table
counts = KmerCountTable(ksize=21)
# Read fasta records and extract k-mers
for record in screed.open('doc/example.fa'):
counts.consume(record.sequence)
>>> 349910
这里的历史是什么?
首先,oxli是借鉴了khmer,一个由@ctb和其他人编写的包。您可能会看到khmer中的有用功能出现在oxli中,这不会让您感到惊讶。
khmer包对于检查大量k-mer集合很有用,但难以维护和升级。
大约在2016年,@ctb的实验室开始转向开发sourmash,最初它是基于与khmer相似的技术栈(Python & C++)构建的。
在某个时候,@luizirber将sourmash的C++代码重写为Rust。
这迫使@ctb学习Rust来维护sourmash。
@ctb随后决定他非常喜欢Rust,并怀念一些khmer的功能。
就这样,oxli诞生了。
作者
作者:C. Titus Brown (@ctb),ctbrown@ucdavis.edu
以及@Adamtaranto添加的一些杂项功能
项目详情
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解有关安装包的更多信息。
源代码分发
构建版本
oxli-0.3.0.tar.gz的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 5d6903e92aadd3d2f9736b774d32ba71884a6115462fd8b1914a8dc3727ef3ad |
|
MD5 | 06e606505097a12e74dfb64f31d06719 |
|
BLAKE2b-256 | 675e360ce8198e3df1c5220b0a7ce0409164e73b10a732371048bf4d11ef3234 |
oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-musllinux_1_2_x86_64.whl的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 5d6fa0bf573162dda06dcb7416636964bc502ed61f0c73b9cdf79e37f70607f2 |
|
MD5 | 33c9ac8ba053eb768c84f05cee270aad |
|
BLAKE2b-256 | c03fb89e88840b259d3304d9cefa08d99abbede476b1aceac0af560d587de2af |
oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-musllinux_1_2_i686.whl的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 1928c633f340b2570bad0f1b9426a9435e4f27dc97cbf406de1ebaeca24c1e30 |
|
MD5 | aa84210989199fefbb4d7f9864dd6c42 |
|
BLAKE2b-256 | 1f678fd819d13b95c35c449249831a51738a93f6377fc647f46003b053f6bc2b |
oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-musllinux_1_2_armv7l.whl的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 5b90d356fe5ec919eab2c910f8a6d955855bbbc1444e4357cdf756ee3cb74011 |
|
MD5 | 1ad0ca79c6ae3495a22dbcb2cf6cd9bb |
|
BLAKE2b-256 | 6fe14e551a4801bf9b6732ecdc21c6379ea62b3b1218b6049d6a293a00424054 |
oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-musllinux_1_2_aarch64.whl的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 4beb26acecc2570435f773816f71e5b0210d9c7f6a6544d1da45f89463d0e6e3 |
|
MD5 | 3ff3ef50b0522dd7cf2e3f7d3a8852f4 |
|
BLAKE2b-256 | 0bb9e7d841dcfe1a6809b2a8bccb0ca1e9af7ffa11f5e0b30bc452c47cc442ee |
oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | d0f29a66fc4df50edf8c51e26c073b34be46f5180062d239755f5e1e9921a5af |
|
MD5 | 8fd482b27cf8c5f625a8616343ef882c |
|
BLAKE2b-256 | d557297e1796a96848e30f9a55d510d0087c09e99c6972ab2b258d84cdc30723 |
oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_s390x.manylinux2014_s390x.whl的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | d264ab682ceef885b12eb67d30a5fe0df5d9b2396aa12080140a47cec2f7c692 |
|
MD5 | 469b442867e78795e74b9290e73af3a2 |
|
BLAKE2b-256 | c536645d8505c712641a9ac7fba02d44706e18033b70283c21b535a9b0da6832 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_ppc64le.manylinux2014_ppc64le.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 2bcbc5d285f6804d5fa50b43f78177f7cc98a90a9ad6197a7ca70f2df8d70e81 |
|
MD5 | 910542c20d33ab10fa0ac6c940c9dcc0 |
|
BLAKE2b-256 | dd15e4ae3ed5523b9731d621019a8f04ab10056f6467a93f1d4b07e88db4a56c |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | c7fe65a279e0ddad0273a91aab6dfa8971cca0fb33f80fa8de4a275bdb527633 |
|
MD5 | d7d393190cea17a9d724ae5997b7aa06 |
|
BLAKE2b-256 | b8d27f3c4e85d580b8ea1efeeba764f7acbb5e71fdd1d330f9d68e5900a5fb05 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_armv7l.manylinux2014_armv7l.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | ff60600fd39e46bfa425f7b1b530e72175f82ef3130d38cb98d84de6ac59d267 |
|
MD5 | 59ec0c6abd1040bd751b10016f877c12 |
|
BLAKE2b-256 | 463439b2e0dcca9a37069dfc4b9a057dfe39af4990d24f04290a2cf9b2cf61bd |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-pp310-pypy310_pp73-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 4288242306ad508442ddaa918ff8525722a62b05dd7914870af320b5c8768e1b |
|
MD5 | 743957046309f6eb0cfc689f91504255 |
|
BLAKE2b-256 | a2f8487478605b8e0c9e8b21dc598c5691714dc945498e6f6f732b67ed0e9fb4 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp312-cp312-musllinux_1_2_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 468cf3ca8fe9693cfdd52e217d0bec5f01823f6a1721c27e5ea43d1acc93eddc |
|
MD5 | 7208864e7f000145db4b823a6f751694 |
|
BLAKE2b-256 | 8c36004f27348283c431e0a65beb3afe9ac56c7d026a1e8452fecb790ffdc380 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp312-cp312-musllinux_1_2_i686.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 0f3967b3e1d3790f464b174e68b81c85e39718e1ac46ea8ac2adf6914251f1a4 |
|
MD5 | 8e8bf4511de6cd6ef8e566875393cafe |
|
BLAKE2b-256 | 4b1d6c88bf2a48b869ec5656e991b8e1fe35f61436587cfee7f5886f845e9d0c |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp312-cp312-musllinux_1_2_armv7l.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | b1d4c13ee049e954be956aebd718b6ba23c73e3b038b35588b52092c6ee74db1 |
|
MD5 | 59dbd4a9a5ad06150196a76cc543015b |
|
BLAKE2b-256 | 43ec3f38822385218c73a41f15f3141ca228f229645458e940c7c034648f452b |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp312-cp312-musllinux_1_2_aarch64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 69a3da48c8b780a155989a5c9302c345a23ab7cd417ddfc48eb79a9397cd0d55 |
|
MD5 | 7a866fe657500bdff3bba69951c27788 |
|
BLAKE2b-256 | 883c445b8f5032913d6cbe02501dfc5f667b3b9c71c6fb3d25bdd70cba5d4159 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | d6afd6605893dc998c67f8513c98f217392e06aeabdafbc71258d9c6b47a7687 |
|
MD5 | 2896c57617490736bb079fca2fa3913c |
|
BLAKE2b-256 | 7271b737e3f4f7ad7fbfa684a38a20b633d19e3a31c52d04e200503059cb54c6 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_s390x.manylinux2014_s390x.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 28a8e2c2ced6e9eaa50b4acf6be55b7c98ba45dae4ce8193c95f5f4715450521 |
|
MD5 | 00fdad71cb61c8aaad18698f837dca8e |
|
BLAKE2b-256 | 37d4d902d62b129be7437f45abb9d8658c6c14446aa2c0d1ed5bc56826f7ae93 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_ppc64le.manylinux2014_ppc64le.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | ecb438db7c53b8f28edceb9f4bafacc0612d15b92ef28de25fc2f04fcc3640a7 |
|
MD5 | 35a08ba31a9abba9cf701cb98c000036 |
|
BLAKE2b-256 | 5be2f390bf0c12e2e71e5071efb44f4ab8c7fcf3f375852190c98c13a0297bc7 |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | a69ba0576d0f8e3f6918189b1c0c7db03fc6518df154c2752ea09cb9fa9bac1f |
|
MD5 | 0b9129907450558a1fc73c536bb0d706 |
|
BLAKE2b-256 | ef373ddaafa7f9dd38e53821fbc51d81255fbdce74433128785e766334c87957 |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_armv7l.manylinux2014_armv7l.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | b90e378ed746d30e3ff374d8ff1c7de0bacb86124421f806b0635be878994fc2 |
|
MD5 | 2209a5c8db2b49f936ad3b3e70cd32c5 |
|
BLAKE2b-256 | 1b1d009c107140128330f005c254dd1bbd55402159bc2ea7541746bb07ef40ca |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 6968ca8b5f6ed7a8ff47bbbcac3b14b23dc598844bce627c3efa7a02f44cf044 |
|
MD5 | 4382b95dd97e68ad0675e79767bc37bf |
|
BLAKE2b-256 | c2d93b815ea591271ab6fc0e21f924f64dcb86059566e62b52517670d6ff8287 |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp312-cp312-macosx_10_12_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | dbdd9cf00ea35f059f89bba885d2cdc7dcde90321e159ef692f07d37f9c2d838 |
|
MD5 | cd0008f61307960c1beb2d7bf1595a76 |
|
BLAKE2b-256 | f4e0379e12e205ce4100b3197d370c6d50ba3c6fb353ffffbf04d158396011df |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp311-cp311-musllinux_1_2_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | a37f306e5606b19649507fbdbca34d267e96e90aab09b7384e77b21f1702c1b6 |
|
MD5 | c9d256389d83a84e2045acf02c843149 |
|
BLAKE2b-256 | b301f50c0bfc044e3fbc8e601fd33d56da639a3867bac73488e2623619d8cff7 |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp311-cp311-musllinux_1_2_armv7l.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 02acf6a8d22927036e0a29e70cf4b3e5ac821d01303c9c49240d3973f7fb612f |
|
MD5 | 60d5470cb4974297ccafb5579ba92d57 |
|
BLAKE2b-256 | b09933b38d37aad814b59700f6d9833d559e55ff675b475453a274838cc49817 |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp311-cp311-musllinux_1_2_aarch64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | b0cf4d74a4c8a01d3bbd57aba09a5d20f56ab315e9dee23b4602c1a283829621 |
|
MD5 | f2f30f9b9b89a6a7d4088976a193f46a |
|
BLAKE2b-256 | 7ce57ba73940014ef5eefbf1e6690e24bac80c31b678cc87a0c0e3413e0cac51 |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 654fd167c3ca078ef34aa21f5244c7d0b0687fd4079aa615255092fc970cc3d8 |
|
MD5 | 3441cd01d495eb750d2b11a33c3791ba |
|
BLAKE2b-256 | 9eb407ce139644522fe5c1b64170a652a0f83efb5123f5a08d91dd197b1fb906 |
哈希值 为 oxli-0.3.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_s390x.manylinux2014_s390x.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | c7b7701bfe5e5a5b505b37a46ab9d1b86fc6bc75544e47584f8d362f7f4bb064 |
|
MD5 | f026dd3861aa989c0a213bc663cfcad4 |
|
BLAKE2b-256 | 3559d133c261e20356dee8887a4ef47da735c0de21fd30adc79d2a9ed54f0179 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_ppc64le.manylinux2014_ppc64le.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | cae368610ada5ff192f3c847c7931fa37c74333b498bea03c7ef4bb58aaffcb1 |
|
MD5 | 8d55f57f69bd34a3b8bc3ff1818af7fe |
|
BLAKE2b-256 | 9612570d4d80b3c40010fbdfbf6fbe4c7e25e8f15683b30105bf2ae77a530820 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 82f3345024f78693621441ea2400bf42d4a5bca48c55086c5a0b1c0967a89cc7 |
|
MD5 | 8e0dd0cdcf37b1d9df1e24abba5e8a32 |
|
BLAKE2b-256 | 50d12c0714357fb4ce5028a7ba471568bf54f1acb5df33efdb13af9f969db311 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_armv7l.manylinux2014_armv7l.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 33b146fcee7259cf80d646f5fb7422fd925b8a5265eba8ec58fad46a899a6737 |
|
MD5 | 58047078ea87a3fa231f4eb4b17f2b17 |
|
BLAKE2b-256 | d2ab2bf67bac38e1d38f7b348d079fe00385fab7f2e0b7225486cc712553534a |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 35fad05e930e41680c08f7f0489e09f20bf366e8af222cb02eb955d729518e43 |
|
MD5 | 1219f1109087967db199c7f593ea8593 |
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BLAKE2b-256 | a254302129b64158c71474241a9d636cd763782ff156080da7c3fe6ef1f5ecfe |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp311-cp311-macosx_10_12_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 2da077f8544156989976a9481c6ad17431c1cdb0dca65402a59c04e17a91fdc0 |
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MD5 | 71ba31dee62a3e1a5edd224576257346 |
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BLAKE2b-256 | 258b198072aa94fab50716d4698b7b6ab52d80df256465c231ef8dfb1b71fa3b |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-musllinux_1_2_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | a3950139fbf5cf82a5d7042900f5fe756818039861863aeb00fe719731d59ffb |
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MD5 | 261ffef1ddc0de1e87961792a90787f7 |
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BLAKE2b-256 | 451c26e15b86dd2449d375f2384b85e2faa1735b0eb559bfc945cc4168d04f77 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-musllinux_1_2_i686.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 55ea37a2dd4b9d8fa6cfb4e36c000b7c9f32b4f9894ecfd8eae9e81656fd7489 |
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MD5 | 0d95c105e7a2141f46dd228464401b53 |
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BLAKE2b-256 | bbb44df6fc8b07bebdfb1a978ac6e7771258f6f146fea26b26a27d31b697a420 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-musllinux_1_2_armv7l.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 899428ca8923a69a39a9e409cb2eb40207c1768d1f49004a98c94458b926fec0 |
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MD5 | f52ff82ea22c5b711d5b59358dc30dc6 |
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BLAKE2b-256 | b907ba99679b2eb18c4e612e2a663013f0f0b95a4c67d01a6a3dec48a96967ec |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-musllinux_1_2_aarch64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | aba36339f9d39bf011eba27cdd9b6108a5dd941ab727f72d4fe2536fd8448314 |
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MD5 | f8b350cecfce1277b611ad8af084a476 |
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BLAKE2b-256 | 1253c4910ceacede9eb57ce2d9c5bac0a3815d8dfda56b750643d0c4a2bb9161 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 4e0cf7ad61c84e08165941bcef92751847f898e4215e335a39e989984596c1fd |
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MD5 | 39fed5e05c745844750650c6dd6e15e9 |
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BLAKE2b-256 | bf9fdfac7c3567e54919972b3692ac87ec45aaf749cea9bd665a3f8bede8d5e3 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_s390x.manylinux2014_s390x.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 6b25afc026f07dc99ddb99a31e35bd09a2a320acdfe4d52f33636695c452f056 |
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MD5 | 417385d6803feb6221598b505bb17d92 |
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BLAKE2b-256 | 88a3e2aa3602554cdf9494700d94e2a982757a83fa5139a09ca45cc66801f7d3 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_ppc64le.manylinux2014_ppc64le.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 963d2ac5e0b9c244c875a32a2f03f5aa2d005915084d97245cc06a1f8a672073 |
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MD5 | fe087f68f97e354f2f18e993391b1a40 |
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BLAKE2b-256 | 5d78d73fbc6f63a41c588033ffb8c3d168f04156906daad3a17ea98ef8704d87 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_i686.manylinux2014_i686.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | f2a8f84a952af372f8fc0d5b279f503e40c5788db9a515f830b436bf87eabef3 |
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MD5 | e950060b6bd99e9950e63b57ccbaad27 |
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BLAKE2b-256 | 5cb9bede97986d36de95d11d4a0e386674082f47ad353781d55965518e3f53c6 |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_armv7l.manylinux2014_armv7l.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | a375a74a0d9b7e6bea5ea07a9cfcc1b806150b0d6df02fedc028154643c9e52d |
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MD5 | 74ce5944598f43fa94f48baa8b0d32f2 |
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BLAKE2b-256 | 2c710a7eb47734203956ec89c926923aca186ae57532e1952bd64427b2813deb |
哈希值 用于 oxli-0.3.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
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SHA256 | 72b0bd54111825be5881a80e4e0d0e2b71cfbb6bcf41109c1f8f11e0f5143ac3 |
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MD5 | 3a722d74aceec7e608584b0e077cfa79 |
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BLAKE2b-256 | 8143c4c8c937e9a0d2bdc1a9d9d29ecde0f2b8d352b81105826f5fc816b42076 |