Open NAGL Models

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此存储库包含由 Open Force Field Initiative 发布的 NAGL 模型。它们旨在由 OpenFF NAGL 使用。

使用

安装此包会公开一个入口点，使其能够轻松访问此包中安装的模型。

提供了一个方便的函数来为您包装此功能

>>> from openff.nagl_models import load_nagl_model_directory_entry_points
>>> load_nagl_model_directory_entry_points()
[PosixPath('/home/.../openff-nagl-models/openff/nagl_models/models/am1bcc')]

您还可以列出所有可用的模型 来自所有入口点

>>> from openff.nagl_models import list_available_nagl_models
>>> list_available_nagl_models()
[PosixPath('/home/.../openff-nagl-models/openff/nagl_models/models/am1bcc/openff-gnn-am1bcc-0.0.1-alpha.1.pt'), PosixPath('/home/.../openff-nagl-models/openff/nagl_models/models/am1bcc/openff-gnn-am1bcc-0.1.0-rc.1.pt')]

或验证模型名称是否在本地目录或入口点目录中找到

>>> from openff.nagl_models import validate_nagl_model_path
>>> validate_nagl_model_path("openff-gnn-am1bcc-0.0.1-alpha.1.pt")
PosixPath('/home/.../openff-nagl-models/openff/nagl_models/models/am1bcc/openff-gnn-am1bcc-0.0.1-alpha.1.pt')

最后，如果您想查找特定类型的所有模型，请使用 get_models_by type。这些将根据语义版本排序，最新发布的是最后一个

>>> from openff.nagl_models import get_models_by_type
>>> get_models_by_type("am1bcc")
[PosixPath('/home/.../openff-nagl-models/openff/nagl_models/models/am1bcc/openff-gnn-am1bcc-0.0.1-alpha.1.pt'), PosixPath('/home/.../openff-nagl-models/openff/nagl_models/models/am1bcc/openff-gnn-am1bcc-0.1.0-rc.1.pt')]

版本

• v0.0.1-alpha.1：一个用于实验的预生产模型。我们不推荐使用此模型在科学工作中分配电荷。
• v0.1.0-rc1：一个用于分配 AM1-BCC 部分电荷的预生产模型。
• v0.1.0-rc2：一个用于分配 AM1-BCC 部分电荷的预生产模型。
• v0.1.0-rc3：一个用于分配 AM1-BCC 部分电荷的预生产模型。

致谢

本项目基于 Computational Molecular Science Python Cookiecutter 1.0 版本。