ommprotocol 0.1.11

一些酷功能

• 无需编码 - 只需YAML输入文件！

• 对不同的输入文件格式提供智能支持

  • 拓扑: PDB/PDBx, Mol2, Amber的PRMTOP, Charmm的PSF, Gromacs的TOP, Desmond的DMS

  • 位置: PDB, COOR, INPCRD, CRD, GRO

  • 速度: PDB, VEL

  • 盒子向量: PDB, XSC, CSV, INPCRD, GRO

  • 实现了回退方法，并尝试加载所有可能由ParmEd支持的其它内容。

• 选择您首选的轨迹格式（PDB，PDBx，DCD，HDF5，NETCDF，MDCRD）和检查点（Amber，CHARMM，OpenMM XML状态）。

• 实时报告模拟进度，包括预估完成时间和速度。

• 每n步检查点。如果发生错误，还将创建紧急救援文件。

• 自动分割轨迹，便于处理。

安装与使用

下载最新安装程序，或者如果您已安装Anaconda/Miniconda，可以使用conda install -c omnia -c insilichem ommprotocol。更多详细信息在此。

安装后，您应该能够运行

ommprotocol <inputfile.yaml>

请查阅文档了解如何为OMMProtocol创建输入文件。

获取帮助

文档始终可在ReadTheDocs上找到。如果您在运行ommprotocol时遇到问题，请创建一个问题！同时，请确保访问我们的主页insilichem.com。

引用

OMMProtocol是科学软件，由公共研究资助（西班牙MINECO项目CTQ2014-54071-P，加泰罗尼亚政府项目2014SGR989和研究资助2015FI_B00768，COST行动CM1306）。如果您在科学出版物中使用OMMprotocol，请引用它。这将帮助我们衡量我们研究的影响和未来的资助！一篇论文正在准备中。在此期间，请引用此存储库URL。

@misc{ommprotocol,
author       = {Jaime Rodríguez-Guerra Pedregal and
                Lur Alonso-Cotchico and
                Lorea Velasco and
                Jean-Didier Maréchal},
title        = {OMMProtocol: A command line application to launch molecular dynamics simulations with OpenMM},
url          = {https://github.com/insilichem/ommprotocol}
}