omero-web-zarr 0.1.1

开发

使用

$ pip install -e .

配置

$ omero config append omero.web.apps '"omero_web_zarr"'

# Allow to open-with Vizarr

$ omero config append omero.web.open_with '["web_zarr_vizarr", "omero_web_zarr_index", {"supported_objects":["image"], "label": "Vizarr", "script_url": "omero_web_zarr/openwith.js"}]'

# Open with ome-ngff-validator

$ omero config append omero.web.open_with '["web_zarr_validator", "omero_web_zarr_index", {"supported_objects":["image"], "label": "NGFF validator", "script_url": "omero_web_zarr/openwith_validator.js"}]'

然后您将能够通过类似以下URL的方式访问OMERO图像

# base URL for Image ID
[omero-server]/zarr/v0.4/image/[ID].zarr

# URLS for .zattrs, .zgroup
[omero-server]/zarr/v0.4/image/[ID].zarr/.zattrs
[omero-server]/zarr/v0.4/image/[ID].zarr/.zgroup

# .zarray of the dataset at path '0'
[omero-server]/zarr/v0.4/image/[ID].zarr/0/.zarray

# first 3D chunk of the dataset at path '0'
[omero-server]/zarr/v0.4/image/[ID].zarr/0/0/0/0

您可以使用[Vizarr](https://github.com/hms-dbmi/vizarr/)查看器查看此功能。

此omeroweb应用程序自行托管Vizarr，以避免CORS问题（委派到https://hms-dbmi.github.io/vizarr/）。

在web客户端UI中，您可以使用上下文菜单选择 以 > Vizarr 打开，或使用您的图像ID直接跳转。

[omero-server]/zarr/vizarr/?source=[omero-server]/zarr/v0.4/image/[ID].zarr

测试

要运行集成测试（在上述omeroweb conda环境中），请使用 pytest。有关设置 ICE_CONFIG 和依赖项等详细信息，请参阅 [OMERO测试文档](https://docs.openmicroscopy.org/latest/omero/developers/testing.html)，然后

$ pytest test/integration/test_ngff.py

许可证

该应用程序在AGPL许可证下发布。

版权

2022-2023，Open Microscopy Environment