omero-upload 0.4.0

要求

• OMERO 5.6.0 或更高版本

• Python 3.6 或更高版本

从 PyPI 安装

本节假定已安装 OMERO.py。

使用 pip 安装命令行工具

$ pip install -U omero-upload

使用方法

使用 omero 命令从命令行调用插件。

上传单个文件

$ omero upload <file>

此命令将在服务器上创建一个 OriginalFile 并返回类型为 OriginalFile:<id> 的输出。

上传多个文件

$ omero upload <file1> <file2>

此命令将创建两个 OriginalFile 并返回类型为 OriginalFile:<id1>,<id2> 的输出。

默认情况下，mimetype 将从文件名中猜测，但可以使用 –mimetype 参数指定。

$ omero upload <file1> --mimetype 'test/csv'

可以通过符号链接直接上传文件到 OMERO.server，而不是复制文件。这要求命令在具有对 OMERO 数据存储库写权限的用户在 OMERO.server 上运行，类似于 [就地导入](https://docs.openmicroscopy.org/omero/latest/sysadmins/in-place-import.html)。要运行就地上传，必须传递 –data-dir 参数以指定二进制 OMERO 目录。

$ omero upload <file1> --data-dir /OMERO

除了创建并返回简单的 OriginalFile 对象之外，还可以使用 FileAnnotation 包装文件，然后将其链接到数据库中的其他对象。可以使用 –namespace 参数指定此 FileAnnotation 的命名空间。

$ omero upload <file1> --wrap --namespace 'openmicroscopy.org/idr/analysis/original'

此命令将创建一个 OriginalFile 和一个 FileAnnotation 并返回类型为 FileAnnotation:<id> 的输出。

发布流程

此存储库使用 bump2version 来管理版本号。要标记发布，请运行

$ bumpversion release

这将从当前版本中删除 .dev0 后缀，提交并标记发布。

要切换回开发版本，请运行

$ bumpversion --no-tag [major|minor|patch]

指定 major、minor 或 patch，具体取决于开发分支将是一个 major、minor 或 patch 发布。这还会添加 .dev0 后缀。

请记住 git push 所有提交和标记。

许可证

该项目类似于许多 Open Microscopy Environment (OME) 项目，根据 GNU 通用公共许可证 (GPL) v2 或更高版本的条款授权。

版权

2019-2020，The Open Microscopy Environment