OMERO脚本
项目描述
OMERO核心脚本
此目录包含使用OMERO.scripts API的OMERO脚本。目录中所有脚本（例如，*.py）都将随所有二进制构建自动分发。将检测哪些文件扩展名以及如何启动都由服务器集中配置。.py、.jy和.m（MATLAB）文件从OMERO 5开始应默认检测。
类别
脚本被分为几个类别，每个目录一个类别。
目录 |
描述 |
|---|---|
analysis_scripts |
压缩图像以产生数值结果等类似任务 |
export_scripts |
以一个或多个图像作为输入，并产生交换表示 |
figure_scripts |
以一个或多个图像作为输入，并产生摘要表示 |
import_scripts |
在导入后运行图像进行额外处理 |
util_scripts |
执行其他杂项任务，如清理或优化OMERO本身 |
想要依赖其他脚本的脚本可以使用
import omero.<sub_dir>.<script_name>
为了使此功能正常工作，相关的官方脚本必须能够正确导入，即。
def run():
client = omero.scripts.client(...)
if __name__ == "__main__":
run()
OMERO用户脚本
如果您想为其他人提供自己的脚本以便安装到他们的OMERO安装中，请参阅https://openmicroscopy.org/info/scripts
测试
位于test/下的集成测试需要安装脚本的OMERO服务器。这些测试通过Travis运行，使用omero-test-infra通过Docker容器部署OMERO。
要本地运行测试
# All tests $ python setup.py test # Single test in a single file $ python setup.py test -t test/integration/test_util_scripts.py -k test_dataset_to_plate
用法
发布过程
此存储库使用bump2version来管理版本号。要标记发布，请运行
$ bumpversion release
这将从当前版本中移除.dev0后缀，提交并标记发布。
要切换回开发版本，请运行
$ bumpversion --no-tag [major|minor|patch]
指定major、minor或patch，具体取决于开发分支将是一个主要、次要或补丁发布。这还将添加.dev0后缀。
请记住，git push所有提交和标签是必不可少的。
CI管道将自动将标签部署到PyPI。
版权
2010-2024，开放显微镜环境
下载文件
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