omero-metadata 0.12.0

示例

以下示例将使用默认的自动列类型检测行为。可以通过在CSV顶部手动添加自定义 # header 行来达到相同的结果（或不同的期望结果）。

项目/数据集

要将表格添加到项目，需要指定 Dataset Name 或 Dataset ID 以及 Image Name 或 Image ID

$ omero metadata populate Project:1 --file path/to/project.csv

使用 Image Name 和 Dataset Name

project.csv

Image Name,Dataset Name,ROI_Area,Channel_Index,Channel_Name
img-01.png,dataset01,0.0469,1,DAPI
img-02.png,dataset01,0.142,2,GFP
img-03.png,dataset01,0.093,3,TRITC
img-04.png,dataset01,0.429,4,Cy5

上一个示例将创建一个与项目关联的OMERO.table，如下所示，并添加一个新的带有ID的图像列

注意：相当于在project.csv的顶部添加带有# header s,s,d,l,s行的手动定义。

使用图像ID和数据集ID

project.csv

image id,Dataset ID,ROI_Area,Channel_Index,Channel_Name
36638,101,0.0469,1,DAPI
36639,101,0.142,2,GFP
36640,101,0.093,3,TRITC
36641,101,0.429,4,Cy5

上一个示例将创建一个与项目关联的OMERO.table，如下所示，并添加一个新的带有名称的图像名称列

注意：相当于在project.csv的顶部添加带有# header image,dataset,d,l,s行的手动定义。

对于上面两个示例，如果目标是数据集而不是项目，则不需要数据集或数据集名称列。

屏幕/板

要将表格添加到屏幕中，CSV文件需要指定板名称和井。如果指定了# header，则列类型必须是well和plate

$ omero metadata populate Screen:1 --file path/to/screen.csv

screen.csv

Well,Plate,Drug,Concentration,Cell_Count,Percent_Mitotic
A1,plate01,DMSO,10.1,10,25.4
A2,plate01,DMSO,0.1,1000,2.54
A3,plate01,DMSO,5.5,550,4
B1,plate01,DrugX,12.3,50,44.43

这将创建一个与屏幕关联的OMERO.table，并添加井名称和板名称列，并使用井和板列作为ID

如果目标是板而不是屏幕，则不需要板列。

注意：相当于在screen.csv的顶部添加带有# header well,plate,s,d,l,d行的手动定义。

区域

如果目标是图像或数据集，可以使用包含ROI级别或形状级别数据的CSV文件创建一个作为文件注释链接到目标对象的OMERO.table（批量注释）。如果有一个包含ROI ID的（标题类型roi）的roi列，将自动附加Roi Name列（见以下示例）。如果包含类型为l的形状ID列shape，则将验证形状ID（如果无效，则设置为-1）。如果包含图像ID的image列，将添加Image Name列。注意：类型为shape的列目前在OMERO.server上尚不支持

$ omero metadata populate Image:1 --file path/to/image.csv

image.csv

Roi,shape,object,probability,area
501,1066,1,0.8,250
502,1067,2,0.9,500
503,1068,3,0.2,25
503,1069,4,0.8,400
503,1070,5,0.5,200

这将创建一个类似于以下内容的与图像关联的OMERO.table

注意：相当于在image.csv的顶部添加带有# header roi,l,l,d,l行的手动定义。

或者，如果目标是图像，ROI输入列可以是Roi Name（类型为s），并附加一个包含ROI ID的roi类型列。在这种情况下，OMERO中的图像上的ROI必须设置Name属性。

请注意，来自OMERO.table的ROI级别数据在“表格”选项卡下的OMERO.web UI右侧面板中不可见，但可以通过在图像上的批量注释附件上点击“眼睛”来可视化此表格。