omero-cli-zarr 0.5.5

图像和板

要通过OMERO API导出图像或板

# Image will be saved in current directory as 1.zarr
$ omero zarr export Image:1

# Plate will be saved in current directory as 2.zarr
$ omero zarr export Plate:2

# Specify an output directory
$ omero zarr --output /home/user/zarr_files export Image:1

# By default, a tile size of 1024 is used. Specify values with
$ omero zarr export Image:1 --tile_width 256 --tile_height 256

注意：如果与OMERO的连接丢失且图像部分导出，重新运行命令将尝试完成导出。

要使用bioformats2raw导出图像，我们使用`--bf`标志

export MANAGED_REPO=/var/omero/data/ManagedRepository
export BF2RAW=/opt/tools/bioformats2raw-0.2.0-SNAPSHOT

$ omero zarr --output /home/user/zarr_files export 1 --bf
Image exported to /home/user/zarr_files/2chZT.lsm

掩码和多边形

要导出图像或板的掩码或多边形，请使用masks或polygons命令

# Saved under 1.zarr/labels/0 - 1.zarr/ must already exist
$ omero zarr masks Image:1

# Labels saved under each image. e.g 2.zarr/A/1/0/labels/0
# Plate should already be exported
$ omero zarr masks Plate:2

# Saved under zarr_files/1.zarr/labels/0
$ omero zarr --output /home/user/zarr_files masks Image:1

# Specify the label-name. (default is '0')
# e.g. Export to 1.zarr/labels/A
$ omero zarr masks Image:1 --label-name=A

# Allow overlapping masks or polygons (overlap will be maximum value of the dtype)
$ omero zarr polygons Image:1 --overlaps=dtype_max

默认行为是将图像上的所有掩码或多边形导出到一个单独的5D“标签”zarr数组中，每个形状具有不同的值。如果使用上述选项，则如果任何掩码重叠，将抛出异常。

处理重叠掩码的另一种方法是使用“标签映射”将掩码拆分为非重叠zarr组，标签映射是一个csv文件，指定图像上每个ROI的zarr组名称。列是ID、名称、ROI_ID。

例如，要从每个形状的textValue创建组，可以使用此命令

omero hql --style=plain "select distinct s.textValue, s.roi.id from Shape s where s.roi.image.id = 5514375" --limit=-1 | tee 5514375.rois

这将创建一个像这样的文件5514375.rois

0,Cell,1369132
1,Cell,1369134
2,Cell,1369136
...
40,Chromosomes,1369131
41,Chromosomes,1369133
42,Chromosomes,1369135
...

这将创建在5514375.zarr/labels/下的Cell和Chromosomes的zarr组

$ omero zarr masks Image:5514375 --label-map=5514375.rois