OMERO-ARC

用于将OMERO数据库中的成像项目导出到ARC存储库的omero-cli-transfer插件。

用法

安装后，您可以“打包”OMERO项目到ARC存储库。

如果ARC存储库已存在，OMERO项目将作为新的研究添加并连接到相关实验。如果ARC存储库不存在，将创建一个新的ARC存储库。

示例

omero transfer pack --plugin arc Dataset:111 path/to/my/new/arc_repo
omero transfer pack --plugin arc Dataset:111 path/to/my/already/existing/arc_repo

安装

安装依赖项

• 如此处所述安装ARCCommander（以及Git和Git LFS）
• 如此处所述安装omero-cli-transfer

安装omero-arc插件

git clone git@github.com:cmohl2013/omero-arc.git
cd omero-arc
pip install omero-arc

开发环境设置

conda create -n myenv -c conda-forge python=3.8 zeroc-ice=3.6.5
conda activate myvenv

安装

git clone git@github.com:cmohl2013/omero-arc.git
cd omero-arc
pip install -e .[dev] # installs optional dependencies including omero-cli-transfer
conda install pytest

启动OMERO测试数据库

使用docker-compose启动OMERO测试环境。

sudo chmod a+x .omero/compose # enure that compose is executable
sudo .omero/compose up

运行测试

OMERODIR="." ICE_CONFIG="test/ice.config" pytest