OCT Converter

基于Python的工具，用于读取OCT和眼底数据。

描述

在眼科，扫描仪获取的数据通常以制造商的专有文件格式导出。OCT-Converter提供了基于Python的工具，用于从这些文件中提取图像（光学相干断层扫描和眼底）以及相关的元数据。

支持的文件格式

• .fds (Topcon)
• .fda (Topcon)
• .e2e (Heidelberg)
• .img (Zeiss)
• .oct (Bioptigen)
• .OCT (Optovue)
• .dcm

安装

需要python 3.7或更高版本。

pip install oct-converter

用法

一些示例用法脚本包含在examples/中。

以下是一个读取.fds文件的示例

from oct_converter.readers import FDS

# An example .fds file can be downloaded from the Biobank website:
# https://biobank.ndph.ox.ac.uk/showcase/refer.cgi?id=30
filepath = '/home/mark/Downloads/eg_oct_fds.fds'
fds = FDS(filepath)

oct_volume = fds.read_oct_volume()  # returns an OCT volume with additional metadata if available
oct_volume.peek(show_contours=True) # plots a montage of the volume, with layer segmentations is available
oct_volume.save('fds_testing.avi')  # save volume as a movie
oct_volume.save('fds_testing.png')  # save volume as a set of sequential images, fds_testing_[1...N].png
oct_volume.save_projection('projection.png') # save 2D projection

fundus_image = fds.read_fundus_image()  # returns a  Fundus image with additional metadata if available
fundus_image.save('fds_testing_fundus.jpg')

metadata = fds.read_all_metadata(verbose=True) # extracts all other metadata
with open("fds_metadata.json", "w") as outfile:
    outfile.write(json.dumps(metadata, indent=4))

# create and save a DICOM
dcm = create_dicom_from_oct(filepath)

贡献

欢迎！这是一个 开发路线图，包括一些简单的问题。请打开 新问题 来讨论任何潜在的贡献。

更新

2023年11月9日

• 现在可以保存.e2e、.img、.oct和.OCT文件作为具有正确头部的DICOM文件。

2023年9月22日

• DICOM支持：现在可以将.fda/.fds文件保存为具有正确头部的DICOM文件。
• 更完整地提取.fda/.fds元数据。

2023年3月28日

• .fds文件的元数据提取已扩展，以匹配.fda文件。

2023年1月31日

• 大幅扩展了对从.fda文件中提取元数据的支持。

2022年8月7日

• 现在从.e2e文件中提取轮廓（层分割）。
• 现在从.e2e文件中提取获取日期。

2022年6月16日

• 对读取Optovue OCT的初始支持。
• 现在为每个OCT/眼底图像单独提取左右眼信息。
• 从.e2e文件中提取更多患者信息（姓名、性别、出生日期、患者ID）。

2021年8月24日

• 现在支持读取Bioptigen .OCT格式。

2021年6月11日

• 现在可以在读取过程中指定Zeiss .img数据是否需要去隔行。

2021年5月14日

• 现在可以保存OCT体数据的三维投影。

2020年10月30日

• 从.e2e提取眼底和左右眼数据。
• 现在尝试从.e2e文件中提取之前遗漏的额外体积数据。

2020年8月22日

• 对从.fda文件中读取OCT数据的实验支持。

2020年7月14日

• 现在可以从.fda文件中读取眼底数据。

相关项目

• uocte 启发了这个项目
• LibE2E 和 LibOctData 为.e2e文件规范提供了一些额外的描述
• eyepy 用于基于Python的OCT数据导入、可视化和分析
• eyelab 是用于标注数据的工具

临床应用

我们无法保证OCT-Converter提取的图像将与制造商软件提取或查看的图像匹配。在临床环境中的任何使用均由用户自行承担风险。