oakx-grape

🌳 🍇 OAK的Grape包装器 🌳 🍇

ALPHA

用法

使用M1处理器的Macbook用户需要执行以下额外步骤

• 下载 Anaconda.
• conda create --name oakx-grape-env python=3.9
• conda activate oakx-grape-env
• pip install poetry
• poetry install

以下步骤适用于所有人。

pip install oakx-grape
poetry run runoak -i grape:sqlite:obo:pato relationships --direction both shape

安装NVM + NPM

以下说明有助于在用户的系统上设置nvm和npm。

安装GraphViz和OboGraphViz

• brew install graphviz
• npm install -g obographviz

工作原理

此插件实现了一个Grape包装器。实际上，包装器封装了两个适配器

1. 一个适配器用于ensmallen/grape，用于执行性能密集型图操作
2. 一个OAK适配器，用于处理其他所有事情，包括通过标签查找、搜索、谓词过滤等

有两种选择器

1. 葡萄：kgobo:{go,pato,uberon,...}
2. 葡萄：OAK-SELECTOR

使用第一种模式，从kgobo加载葡萄图，从语义SQL加载橡树适配器

使用第二种，可以加载大多数现有的OAK适配器

• sqlite/semsql
• obo
• rdf/owl

注意，您不能使用ubegraph或bioportal等依赖API调用的后端

想法是我们将能够运行像这样的笔记本

https://github.com/INCATools/ontology-access-kit/blob/main/notebooks/Monarch/PhenIO-Tutorial.ipynb

由OAK处理semsim部分

致谢

此cookiecutter项目是从oakx-plugin-cookiecutter模板开发的，并使用cruft保持更新。