nwbmatic

来自各种数据流的多功能NWB创建器

概述

该软件包最初是pynapple IO模块的主要功能。现在它是一个独立的软件包，旨在帮助从电生理学和钙成像管道中的各种数据流创建NWB。它支持以下输出的创建：

警告 从neuroconv可以获取更多数据格式的选择。

使用方法

下面是加载会话的一般工作流程的图解。由于很难容纳所有可能的格式类型，我们旨在保持nwbmatic的I/O尽可能简单，同时允许用户继承基本加载器并导入自己的自定义io函数。

因此，基本加载器负责初始化包含跟踪数据、事件和会话信息的NWB文件。

入门

安装

在新的conda环境中使用pip安装nwbmatic是最佳方式

$ conda create --name nwbmatic pip python=3.8
$ conda activate nwbmatic
$ pip install nwbmatic

如果您想使用从Allen Institute加载数据的功能（可选）

$ pip install nwbmatic[allen]

或直接从源代码

$ conda create --name nwbmatic pip python=3.8
$ conda activate nwbmatic
$ # clone the repository
$ git clone https://github.com/pynapple-org/nwbmatic.git
$ cd nwbmatic
$ # Install in editable mode with `-e` or, equivalently, `--editable`
$ pip install -e .

此过程将安装所有依赖项，包括

• pynapple
• pandas
• numpy
• pynwb 2.0
• h5py
• allensdk

示例

在这个示例中，将使用 phy 预处理的会话复制到 NWB 并加载。

import nwbmatic as ntm

data = ntm.load_session("path/to/my/session", "phy")

鸣谢

感谢 Selen Calgin、Sara Mahallati 和 Luigi Petrucco 的贡献。