NWB Web GUI

NWB转换和可视化的Web图形用户界面。

1. 安装

从PyPI

$ pip install nwb-web-gui

从本地仓库副本

$ git clone https://github.com/catalystneuro/nwb-web-gui.git
$ cd nwb-web-gui
$ pip install .

2. 运行

从命令行快捷方式

$ nwbgui

从本地仓库副本

$ python wsgi.py

NWB Web GUI默认在localhost:5000上运行。

3. 在Docker容器中运行（引用本地文件夹）

• 在config.ini文件中将NWB_GUI_ROOT_PATH更改为/usr/src/nwb_web_gui/files
• 使用以下命令构建Docker

$ docker build -t latest .

• 使用以下命令运行Docker

$ docker run -it -p 5000:5000 -p 8866:8866 -v /host/path/to/filesFolder:/usr/src/nwb_web_gui/files <image_id>

4. 为特定NWB转换器运行NWB Web GUI

NWB Web GUI可以设置为与任何特定NWB转换器一起运行

from nwb_web_gui import init_app
import os


# Set ENV variables for app
# Set root path from where to run the GUI
data_path = '/source_path'
os.environ['NWB_GUI_ROOT_PATH'] = data_path

# Set which NWB GUI pages should be displayed
os.environ['NWB_GUI_RENDER_CONVERTER'] = 'True'
os.environ['NWB_GUI_RENDER_VIEWER'] = 'True'
os.environ['NWB_GUI_RENDER_DASHBOARD'] = 'False'

# Choose NWB converter to be used
os.environ['NWB_GUI_NWB_CONVERTER_MODULE'] = 'my_lab_to_nwb'
os.environ['NWB_GUI_NWB_CONVERTER_CLASS'] = 'MylabNWBConverter'

# Choose port where the GUI will run. Default is 5000
port = 5000

print(f'NWB GUI running on localhost:{port}')
print(f'Data path: {data_path}')

# Initialize app
app = init_app()

# Run app
app.run(
    host='0.0.0.0',
    port=port,
    debug=False,
    use_reloader=False
)

5. 文档

文档