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天然产物连接器

项目描述

徽章

fair-software.eu 推荐
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如何实现FAIR fair-software badge
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文档 Documentation Status
构建 & 测试 build
静态分析 workflow scq badge
覆盖率 workflow scc badge
引用数据一致性 cffconvert
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天然产物连接器 (NPLinker)

NPLinker旨在解决基因组引导的代谢物发现中存在的显著瓶颈,即预测的生物合成基因簇(BGC)与细菌培养过程中产生的代谢物之间缓慢的手动匹配;将表型与基因型连接起来。

NPLinker通过在相似光谱组(分子家族;MF)和相似BGC组(基因簇家族;GCF)之间搜索菌株存在和缺失的模式,实施一种以数据为中心的新方法来缓解这种连接问题。可以使用多种可用的分析方法单独或一起执行搜索。

目前可用的分析方法(评分方法)

设置和使用

NPLinker 是一个 Python 包,您可以通过以下方式安装它

# create a new virtual environment
python -m venv env
source env/bin/activate

# install nplinker package
pip install nplinker

# install nplinker non-pypi dependencies and databases
install-nplinker-deps

由于一些非 pypi 依赖项的硬件要求

  • NPLinker 只能安装在 LinuxMacOS (Intel 芯片)
  • MacOS(Apple Silicon, M1/M2 芯片) 用户应在Rosetta 启用的终端中执行安装命令。
  • 对于 Windows 用户,请使用我们的Docker 镜像

请参阅Jupyter Notebook中的示例,以了解 NPLinker API 的使用方法,该示例展示了如何加载和检查数据集。还有其他笔记本展示了其他评分方法,例如NPClassScore

如果您想可视化和管理 NPLinker 预测,请访问NPLinker Webapp 获取更多信息。

贡献

如果您想为 nplinker 的开发做出贡献,请查看贡献指南开发者 README

支持者

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