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天然产物连接器 (NPLinker)

NPLinker旨在解决基因组引导的代谢物发现中存在的显著瓶颈，即预测的生物合成基因簇（BGC）与细菌培养过程中产生的代谢物之间缓慢的手动匹配；将表型与基因型连接起来。

NPLinker通过在相似光谱组（分子家族；MF）和相似BGC组（基因簇家族；GCF）之间搜索菌株存在和缺失的模式，实施一种以数据为中心的新方法来缓解这种连接问题。可以使用多种可用的分析方法单独或一起执行搜索。

目前可用的分析方法（评分方法）

• Metcal (标准化): 请参阅 Hjörleifsson Eldjárn G, et al. (2021)，Doroghazi JR, et al. (2014)，以及演示。
• Rosetta: 请参阅 Hjörleifsson Eldjárn G, et al. (2021) 和 Soldatou S, et al. (2021)。
• NPClassScore: 请参阅预印本 Louwen JJR, et al. (2022)，以及演示。

设置和使用

NPLinker 是一个 Python 包，您可以通过以下方式安装它

# create a new virtual environment
python -m venv env
source env/bin/activate

# install nplinker package
pip install nplinker

# install nplinker non-pypi dependencies and databases
install-nplinker-deps

由于一些非 pypi 依赖项的硬件要求

• NPLinker 只能安装在 Linux 和 MacOS (Intel 芯片)
• MacOS(Apple Silicon, M1/M2 芯片) 用户应在Rosetta 启用的终端中执行安装命令。
• 对于 Windows 用户，请使用我们的Docker 镜像。

请参阅Jupyter Notebook中的示例，以了解 NPLinker API 的使用方法，该示例展示了如何加载和检查数据集。还有其他笔记本展示了其他评分方法，例如NPClassScore。

如果您想可视化和管理 NPLinker 预测，请访问NPLinker Webapp 获取更多信息。

贡献

如果您想为 nplinker 的开发做出贡献，请查看贡献指南和开发者 README。