nmrml2isa - nmrML到ISA-Tab解析工具
项目描述
概述
nmrml2isa是一个Python3程序，可以用于从nmrML文件中生成ISA-Tab结构化调查，提供研究的骨架，然后可以使用ISA编辑工具进行编辑（参见MetaboLights预包装ISA Creator）
安装
使用
命令行界面
解析器附带了一个简单的单行命令
mzml2isa -i /path/to/nmrml_files/ -o /path/to/out_folder -s name_of_study模块
可以将nmrml2isa作为Python模块导入
from nmrml2isa import parsing
in_dir = "/path/to/nmrml_files/"
out_dir = "/path/to/out_folder/"
study_identifier_name = "name_of_study"
parsing.full_parse(in_dir, out_dir, study_identifier_name)元数据提取
如果您只想提取元数据而无需将它们写入ISA-Tab文件，可以通过运行nmrml2isa.nmrml模块作为主程序来实现
python -m nmrml2isa.nmrml /path/to/your/file.nmrML
# this will produce a JSON dict of all extracted metadata或者在一个带有nmrml子模块的Python程序中实现
from nmrml2isa import nmrml
nmrml_path = "/path/to/file.nmrML"
nmrml_meta = nmrml.nmrMLmeta(nmrml_path)
# python dictionnary
print(nmrml_meta.meta)
# json dictionnary
print(nmrml_meta.meta_json)
下载文件
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源分布
nmrml2isa-0.3.3.tar.gz (83.7 kB 查看哈希值)
构建分布
nmrml2isa-0.3.3-py3-none-any.whl (87.4 kB 查看哈希值)
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nmrml2isa-0.3.3.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 87269827b36b7df01f8909e4148c67ad585d8441432135fe41bf8abf4c41e99f |
|
| MD5 | 25c69cb25bd97c7f8b07a9520afd9a31 |
|
| BLAKE2b-256 | c3fbc5a9965e80310c086286ef0b94df8c90a55ac5c35b9dde67aadcedefd8bc |
关闭
nmrml2isa-0.3.3-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 2d0e8f7f233ffe2d7b2e4444ae6caa9a37b40c689af94b9b97228b862766a0a9 |
|
| MD5 | 61b304a0cd7ceb3f6d7197c0bb3dd90f |
|
| BLAKE2b-256 | 5a2debb401671cca8f2ca22fe58c29f6aabe95ad88ed1c165f8a40a292d89f4e |