国家微生物组数据合作组织（NMDC）的Schema资源
项目描述
国家微生物组数据合作规范
NMDC的使命是通过基础设施、数据标准和社区建设，建立一个公平的微生物组数据共享网络，以解决环境科学领域中的紧迫挑战。NMDC平台建立在统一的数据模型（规范）之上，将现有标准和本体编织在一起，以提供微生物组数据生命周期的系统表示。
此存储库主要定义了一个LinkML规范，用于管理国家微生物组数据合作（NMDC）的元数据。
文档
NMDC规范的文档可以在https://microbiomedata.github.io/nmdc-schema/找到。此文档旨在面向NMDC数据和元数据的消费者，它描述了用于描述研究、样本、样本处理、数据生成、工作流程和下游数据对象的不同的数据元素。
NMDC的元数据和本体学简介提供了本项目的背景。
本页面的其余部分主要面向NMDC规范的内部维护者和贡献者
存储库内容概览
在此存储库中维护的一些产品和任务包括
- 维护指定NMDC规范的LinkML YAML
- src/schema/nmdc.yaml
- 以及它导入的各种其他YAML规范，如prov.yaml、annotation.yaml等，所有这些都可以在src/schema文件夹中找到
- 将规范从其本地的LinkML YAML格式转换为其他规范（如JSON Schema）的目标Makefile
- 作为PyPI软件包构建、部署和分发规范
- 在规范更改后自动发布更新后的文档，可通过此处访问
维护规范
有关设置开发环境的说明，请参阅DEVELOPMENT.md
有关使用开发环境维护规范的说明，请参阅MAINTAINERS.md
Makefile
Makefile是文本文件，人们可以使用它来告诉make（一个计算机程序）如何制作东西（或者一般来说，做事情）。在Makefile的世界里，那些东西被称为目标。
此存储库包含2个Makefile
Makefile，基于来自LinkML cookiecutter的通用Makefileproject.Makefile，其中包含特定于本项目的目标
以下是此存储库中使用make的示例
# Deletes all files in `examples/output`.
make examples-clean
在
project.Makefile中定义了examples-clean目标。在此存储库中，Makefile包含project.Makefile。因此，make可以访问两个文件中定义的目标。
数据下载
可以从NMDC的nmdc-runtime API获取关于生物样本、研究、生物信息学工作流程等的元数据。尝试在https://api.microbiomedata.org/docs#/metadata/list_from_collection_nmdcschema__collection_name__get的collection_name框中输入“biosample_set”或“study_set”
或使用API编程！请注意，某些集合很大，因此响应是分页的。
您可以在https://microbiomedata.github.io/nmdc-schema/Database/了解其他可用的集合
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装包 的更多信息。
源分发
构建的分发
nmdc_schema-10.8.0.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 5f9db462f63abdc3b722206242c7089c4624229b7308ec295b77b069fc0e755c |
|
| MD5 | 22be89f9a8441d450676d39ce62e5645 |
|
| BLAKE2b-256 | 06a1e1894e586a16be69389113460141489bfe37fd9ae681a4b82720e1d6f8bd |
nmdc_schema-10.8.0-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 5795db3ae5d2a12143f3fc785cf6433b7c6712390b53fe77f256a70d31281f7c |
|
| MD5 | d8749b79e53364d9b243080130c443c4 |
|
| BLAKE2b-256 | 971640a6b9176351e5c8ce79f5658b2ab75a1ada9439a0f6ea4351734daf3974 |