使用NMDC模式验证和存储JSON数据的工具。

入门

pip install nmdc-mongo-tools

在您的工作目录中创建一个.env文件，并向其中添加以下行，为连接到MongoDB实例设置适当的值。作为对NMDC_JSON_SCHEMA_URL的替代方案，您可以将NMDC_JSON_SCHEMA_FILE设置为您的本地NMDC模式JSON文件的路径。您还可以以其他方式设置环境变量 - .env-文件方法是受支持的，但不是必需的。

NMDC_JSON_SCHEMA_URL=https://raw.githubusercontent.com/microbiomedata/nmdc-metadata/master/schema/nmdc.schema.json
NMDC_MONGO_HOST=<host>
NMDC_MONGO_USERNAME=<username>
NMDC_MONGO_PWD=<password>

, 设置连接到MongoDB实例的适当值。作为对NMDC_JSON_SCHEMA_URL的替代方案，您可以将NMDC_JSON_SCHEMA_FILE设置为您的本地NMDC模式JSON文件的路径。您还可以以其他方式设置环境变量 - .env-文件方法受支持，但不是必需的。

然后，从nmdc_mongo包中导入，例如

from nmdc_mongo import get_db

db = get_db("dwinston_share")
db.list_collection_names()

# ['metagenome_assembly_set', 'omics_processing_set', 'metaproteomics_analysis_activity_set', 'mags_activity_set',
# 'read_QC_analysis_activity_set', 'nom_analysis_activity_set', 'biosample_set', 'read_based_analysis_activity_set',
# 'study_set', 'metabolomics_analysis_activity_set', 'metagenome_annotation_activity_set', 'data_object_set',
# 'raw.functional_annotation_set']