odML ↔️ NIX元数据转换工具

此工具读取odML / NIX文件，并将元数据结构写入新创建的NIX / odML文件。作为命令行脚本运行时，它将打印关于读取、写入或因各种原因跳过的部分和属性数量的信息。

有关odML和NIX数据格式的更多信息，请参阅以下部分。

安装

您可以通过Python包管理器pip轻松安装转换器。

pip install nixodmlconverter

用法

安装包后，您可以使用位于 'nix-odML-converter/nixodmlconverter' 目录中的 convert.py 脚本，它作为命令行工具。

您可以使用它将 a) 已存在的 odML 文件内容导入 NIX 文件或 b) 将 NIX 文件中的 odML 内容导出为新的 odML 文件。

将 odML 导入 NIX 文件

从命令行使用 convert.py 脚本将现有 odML 文件的内容导入到 NIX 文件中

python nix-odML-convert/nixodmlconverter/convert.py odmlfile.xml nixfile.nix  

odML 文件必须以 XML 格式提供。

从 NIX 文件导出 odML

从命令行使用 convert.py 脚本将现有 NIX 文件的内容导出为新的 odML 文件

python nix-odML-convert/nixodmlconverter/convert.py nixfile.nix newodmlfile.xml

使用说明

为了与 NIX 元数据格式兼容，该格式与 odML 格式略有不同，当从 odML 转换到 NIX 时发生以下修改

• 如果某个部分有 reference，则创建一个名为 reference 的属性
• 如果属性有 reference，则将引用放在属性的值中
• 类型为 URL、person 和 text 的值被视为字符串
• 类型为 datetime、date 和 time 的值转换为字符串表示形式
• 类型为 binary 的值将被丢弃

从源代码构建

您还可以通过克隆 GitHub 仓库并从源代码安装来安装此包。

git clone https://github.com/G-Node/nix-odML-converter.git
cd nix-odML-converter
python setup.py install

依赖关系

• Python 3.6+
• Python 包
  • odml (>=1.4.5)
  • nixio (>=1.5.0b3)

这些依赖包可以通过 python 包管理器 pip 手动安装

pip install "odml>=1.4.5" "nixio>=1.5.0b3"

或者从仓库根目录手动安装 nix-odML-converter

python setup.py install

Python 2 已达到生命周期的终点。nixodmlconverter 的未来版本将不再支持 Python 2。我们进一步建议使用 Python 版本 >= 3.6。

NIX（神经科学信息交换）格式

NIX 数据模型允许存储完全注解的科学数据集，即数据及其元数据位于同一容器中。我们的目标是通过对多种数据类型提供通用的通用数据结构来实现标准化。

核心 Python 库的源代码在 GitHub 上免费提供，并且可以通过在 Python 包管理器 pip 中输入 pip install nixio 来安装。

有关项目的更多信息，包括相关项目、教程和示例，可以在我们的 odML 项目页面 上找到。

odML（开放元数据标记语言）格式

开放元数据标记语言是一种基于文件的格式（XML、JSON、YAML），用于以组织化和人类及机器可读的方式存储元数据。odML 是一个旨在定义和建立开放、灵活且易于使用的格式以传输元数据的倡议。

核心库的源代码在 GitHub 上免费提供，并且可以通过在 Python 包管理器 pip 中输入 pip install odml 来安装。

有关项目的更多信息，包括相关项目、教程和示例，可以在我们的 odML 项目页面 上找到。