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一个用于读取、编写和一般处理9ML对象和文件的工具。

项目描述

Unit Test Status Unit Test Coverage Supported Python versions Latest Version Documentation Status

NineML(9ML)是一种用于描述神经元网络模拟的动力学和连接的语言(http://nineml.net),由NineML规范定义。

NineML Python库是一个用Python编写的软件包,它将NineML对象模型映射到Python类,以便方便地创建、操作和验证NineML模型,以及处理它们与XMLJSONYAMLHDF5之间的序列化。

NineML规范的相关性

九ML Python 库中 Python 模块和类的布局与九ML 规范(v1.0)的结构密切相关。然而,有一些明显的例外,例如九ML Python 库使用名称和关系,这些名称和关系计划在规范的 v2.0 版本中更改(九ML Python 库将保持向后兼容性),例如将 ComponentClass 元素重命名为独立的 DynamicsConnectionRuleRandomDistribution 元素(参见 https://github.com/INCF/nineml/issues/94)。九ML v2.0 规划中的全部更改列表可以在 https://github.com/INCF/nineml/milestone/3 找到。在序列化 9ML 模型时,除非提供 version=2 关键字参数,否则使用 1.0 版本的语法。

除了直接对应于 9ML 对象模型的类之外,还存在一系列简写符号(“语法糖”),以使手动编写 9ML 模型更加方便(参见 nineml.sugar 模块)。这些符号在存储库的 examples 目录中经常被演示。

九ML 目录

九ML 目录 包含一组经过验证的九ML 模型,可以使用九ML Python 库加载和管理。如果您创建了一个模型,相信它将对计算神经科学社区有更广泛的应用,请考虑通过拉取请求向目录做出贡献。

安装

HDF5 (dev)

要添加读取或写入 HDF5 序列化的支持,您必须首先安装一个 HDF5 开发库(即带有 C 头文件的库)。

在 macOS 上,可以使用 Homebrew 安装 HDF5

$ brew install hdf5

在 Ubuntu/Debian 上,可以使用以下任何一种包安装 HDF5

  • libhdf5-serial-dev (串行)

  • libhdf5-openmpi-dev (与 Open MPI 并行)

  • libhdf5-mpich-dev (与 MPICH 并行)

如果您没有安装 HDF5,仍然可以使用其他序列化格式,但您需要手动安装软件包(即不使用 pip)。

Pip

可以使用 pip 安装九ML Python 库。

$ pip install nineml
版权

版权所有 © 20011-2017 九ML Python 库团队,请参阅 AUTHORS。

许可证

BSD 3,请参阅 LICENSE 了解详细信息。

项目详情


下载文件

下载您平台上的文件。如果您不确定要选择哪一个,请了解更多关于 安装软件包 的信息。

源代码分发

nineml-1.0.1.tar.gz (3.8 MB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

nineml-1.0.1-py2.py3-none-any.whl (181.7 kB 查看哈希值)

上传于 Python 2 Python 3

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