生成Docker和Apptainer/Singularity命令的包装器,以简化NiBabies的使用
项目描述
NiBabies Docker/Singularity包装器
NiBabies是一种针对婴儿和新生儿MRI优化的功能磁共振成像预处理管道。它旨在提供一个易于访问、最先进且对扫描采集协议差异具有鲁棒性的接口,同时需要最少用户输入,并提供易于解释和全面的错误和输出报告。
这是一个用于运行NiBabies的Python包装器。它生成适当的Docker或Singularity命令,为在任何环境中运行fMRIPrep工作流程提供直观的界面。必须安装Docker或Singularity,并且对于Docker,必须运行。可以通过运行以下命令来检查安装:
docker info # Docker singularity version # Singularity
用法
示例Docker使用
nibabies-wrapper docker <data-path> <output-path> participant <nibabies-arguments>
示例Singularity使用
nibabies-wrapper singularity <data-path> <output-path> participant -i <img-path> <nibabies-arguments>