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生成Docker和Apptainer/Singularity命令的包装器,以简化NiBabies的使用

项目描述

NiBabies Docker/Singularity包装器

NiBabies是一种针对婴儿和新生儿MRI优化的功能磁共振成像预处理管道。它旨在提供一个易于访问、最先进且对扫描采集协议差异具有鲁棒性的接口,同时需要最少用户输入,并提供易于解释和全面的错误和输出报告。

这是一个用于运行NiBabies的Python包装器。它生成适当的Docker或Singularity命令,为在任何环境中运行fMRIPrep工作流程提供直观的界面。必须安装Docker或Singularity,并且对于Docker,必须运行。可以通过运行以下命令来检查安装:

docker info  # Docker
singularity version  # Singularity

请将任何反馈报告给我们的GitHub仓库,并且不要忘记引用NiBabies使用的所有软件的作者。

用法

示例Docker使用

nibabies-wrapper docker <data-path> <output-path> participant <nibabies-arguments>

示例Singularity使用

nibabies-wrapper singularity <data-path> <output-path> participant -i <img-path> <nibabies-arguments>

项目详情


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源分发

nibabies_wrapper-24.1.0.tar.gz (10.7 kB 查看哈希)

上传时间

构建分发

nibabies_wrapper-24.1.0-py2.py3-none-any.whl (12.0 kB 查看哈希)

上传时间 Python 2 Python 3

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