NGLessPy：NGLess作为Python嵌入语言

这是一个NGLess作为Python嵌入语言的变体，从而可以通过Python API处理下一代数据。请参见下面的示例。

这是一个非常实验性的项目，可能会随时更改。如果您想在工作中使用它，请联系我们。对于问题，您也可以使用ngless邮件列表。

依赖关系

• requests
• NGLess

NGLesspy如果需要，可以自动安装ngless。

NGLesspy兼容Python 2.7和3.4+。

示例

在bin/目录中，您将找到几个简单的脚本，它们将NGLess功能作为命令行工具暴露出来。这些也是NGLessPy如何使用的简单示例。

有关下面示例中发生的事情的更详细说明，请参阅教程。

    from ngless import NGLess

    sc = NGLess.NGLess('0.8')

    sc.import_('mocat', '0.0')
    e = sc.env

    e.sample = sc.load_mocat_sample_('testing')

    @sc.preprocess_(e.sample, using='r')
    def proc(bk):
        bk.r = sc.substrim_(bk.r, min_quality=25)

    e.mapped = sc.map_(e.sample, reference='hg19')
    e.mapped = sc.select_(e.mapped, keep_if=['{mapped}'])

    sc.write_(e.mapped, ofile='ofile.sam')

    sc.run()

这相当于以下NGLess脚本

ngless '0.8'
import 'mocat' version '0.0'

sample = load_mocat_sample('testing')

preprocess_(sample) using='r':
    r = substrim(r, min_quality=25)

mapped = map(sample, reference='hg19')
mapped = select(mapped, keep_if=[{mapped}])

write(mapped, ofile='ofile.sam')