newt-transformer

元数据转换器，用于将gen3转换为cgp-dss-data-loader可读取的格式

常见设置

1. (可选) 我们建议使用Python 3 虚拟环境。

2. 运行

   pip3安装newt-transformer

开发设置

1. 克隆存储库

   git clone https://github.com/jessebrennan/newt-transformer.git

2. 转到克隆项目的根目录

   cd newt-transformer

3. 运行（最好在一个新的 虚拟环境 中）

   make develop

运行测试

1. 确保您已按照开发设置进行操作

2. 运行

   make test

从sheepdog-exporter转换数据

1. 第一步是使用 sheepdog导出器 提取您想要的Gen3数据。从sheepdog提取的TopMed公共数据可在Assets下 发布页面 获取。假设您使用此数据，您现在将有一个名为 topmed-public.json 的文件

2. 请确保您正在运行在“设置”说明中设置的虚拟环境。

3. 现在我们需要转换数据。从项目的根目录运行

   newt new /path/to/topmed-public.json --output-json transformed-topmed-public.json

   这将生成一个名为 transformed-topmed-public.json 的转换输出文件。

   参数new指定我们想要最新的变压器输出格式。它可以被gen3参数替换，但这个较旧的格式将很快被弃用。

4. 你可能想要将此数据上传到DSS。有关说明，请参阅DSS数据加载仓库。

变压器架构