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神经元类型的数据模型。

项目描述

neurondm

PyPI version

神经元类型的数据模型。

神经元类型

有关如何使用neuron-lang来描述神经元类型的概述,请参阅本介绍。要深入了解神经元在OWL中的结构以及与您计划使用的推理器相关的建模决策,请参阅OWL建模决策概述

要开始使用,请按照以下安装说明进行操作,然后在您的导入语句中包含from neurondm.lang import *

如果您想快速开始,请查看如何使用neuron-lang创建新神经元的示例笔记本。

如果您想在jupyter笔记本中使用neurondm,请参阅如何为jupyter笔记本设置neurondm的文档。

安装

您可以使用以下命令安装neurondm

基础知识

pip install neurondm

安装完成后,您应该能够运行以下Python代码。

from neurondm import *
config = Config()
n = Neuron(Phenotype('TEMP:myPhenotype'))
config.write()
config.write_python()

SciGraph API

将API密钥设置在单独的终端中,以避免在设置API密钥后丢失额外的历史记录。

unset HISTFILE
ontutils set scigraph-api-key <key>

完成此操作后,您应该能够运行以下内容。

python -m neurondm.models.huang2017

NIF-Ontology

要使用NIF-Ontology并构建现有模型,您需要克隆本体存储库并设置SciGraph API密钥或设置本地SciGraph实例。

git clone https://github.com/SciCrunch/NIF-Ontology.git
ontutils set ontology-local-repo ./NIF-Ontology
pushd ./NIF-Ontology
git checkout neurons
popd

进一步配置

如果您需要有关配置的更多详细信息,请参阅pyontutils的配置部分。

在NIF本体之外使用

您可以在NIF本体和pyontutils存储库之外使用neurondm,但它尚未完全抽象化以支持该用例。如果您想进行比安装部分中显示的示例更复杂的操作,则需要执行一些额外的配置。这种方法是通过neurondm.Config设置所有相关值。有关示例,请参阅test_neruons.test_roundtrip_py

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源分布

neurondm-0.1.8.tar.gz (179.7 kB 查看散列)

上传时间

构建分布

neurondm-0.1.8-py2.py3-none-any.whl (158.0 kB 查看散列)

上传时间 Python 2 Python 3

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