神经元类型的数据模型。
项目描述
neurondm
神经元类型的数据模型。
神经元类型
有关如何使用neuron-lang来描述神经元类型的概述,请参阅本介绍。要深入了解神经元在OWL中的结构以及与您计划使用的推理器相关的建模决策,请参阅OWL建模决策概述。
要开始使用,请按照以下安装说明进行操作,然后在您的导入语句中包含from neurondm.lang import *
。
如果您想快速开始,请查看如何使用neuron-lang创建新神经元的示例笔记本。
如果您想在jupyter笔记本中使用neurondm,请参阅如何为jupyter笔记本设置neurondm的文档。
安装
您可以使用以下命令安装neurondm
。
基础知识
pip install neurondm
安装完成后,您应该能够运行以下Python代码。
from neurondm import *
config = Config()
n = Neuron(Phenotype('TEMP:myPhenotype'))
config.write()
config.write_python()
SciGraph API
将API密钥设置在单独的终端中,以避免在设置API密钥后丢失额外的历史记录。
unset HISTFILE
ontutils set scigraph-api-key <key>
完成此操作后,您应该能够运行以下内容。
python -m neurondm.models.huang2017
NIF-Ontology
要使用NIF-Ontology并构建现有模型,您需要克隆本体存储库并设置SciGraph API密钥或设置本地SciGraph实例。
git clone https://github.com/SciCrunch/NIF-Ontology.git
ontutils set ontology-local-repo ./NIF-Ontology
pushd ./NIF-Ontology
git checkout neurons
popd
进一步配置
如果您需要有关配置的更多详细信息,请参阅pyontutils的配置部分。
在NIF本体之外使用
您可以在NIF本体和pyontutils存储库之外使用neurondm,但它尚未完全抽象化以支持该用例。如果您想进行比安装部分中显示的示例更复杂的操作,则需要执行一些额外的配置。这种方法是通过neurondm.Config
设置所有相关值。有关示例,请参阅test_neruons.test_roundtrip_py
。
项目详情
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。
源分布
neurondm-0.1.8.tar.gz (179.7 kB 查看散列)
构建分布
neurondm-0.1.8-py2.py3-none-any.whl (158.0 kB 查看散列)
关闭
neurondm-0.1.8.tar.gz的散列
算法 | 散列摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 54de5d252ba7da2c0ba4d4e47f42fb94698dd4662f3bde59e01ada91f67a338e |
|
MD5 | ee04ac4c0b49651229f66fbb6cc855ac |
|
BLAKE2b-256 | 913b43b41bb414d69c89997527e6ab20fa2408290e5e96658ffb906366dfce72 |