neurondm

神经元类型的数据模型。

神经元类型

有关如何使用neuron-lang来描述神经元类型的概述，请参阅本介绍。要深入了解神经元在OWL中的结构以及与您计划使用的推理器相关的建模决策，请参阅OWL建模决策概述。

要开始使用，请按照以下安装说明进行操作，然后在您的导入语句中包含from neurondm.lang import *。

如果您想快速开始，请查看如何使用neuron-lang创建新神经元的示例笔记本。

如果您想在jupyter笔记本中使用neurondm，请参阅如何为jupyter笔记本设置neurondm的文档。

安装

您可以使用以下命令安装neurondm。

基础知识

pip install neurondm

安装完成后，您应该能够运行以下Python代码。

from neurondm import *
config = Config()
n = Neuron(Phenotype('TEMP:myPhenotype'))
config.write()
config.write_python()

SciGraph API

将API密钥设置在单独的终端中，以避免在设置API密钥后丢失额外的历史记录。

unset HISTFILE
ontutils set scigraph-api-key <key>

完成此操作后，您应该能够运行以下内容。

python -m neurondm.models.huang2017

NIF-Ontology

要使用NIF-Ontology并构建现有模型，您需要克隆本体存储库并设置SciGraph API密钥或设置本地SciGraph实例。

git clone https://github.com/SciCrunch/NIF-Ontology.git
ontutils set ontology-local-repo ./NIF-Ontology
pushd ./NIF-Ontology
git checkout neurons
popd

进一步配置

如果您需要有关配置的更多详细信息，请参阅pyontutils的配置部分。

在NIF本体之外使用

您可以在NIF本体和pyontutils存储库之外使用neurondm，但它尚未完全抽象化以支持该用例。如果您想进行比安装部分中显示的示例更复杂的操作，则需要执行一些额外的配置。这种方法是通过neurondm.Config设置所有相关值。有关示例，请参阅test_neruons.test_roundtrip_py。