NEURON的BBP仿真控制应用
项目描述
Neurodamus
Neurodamus是Neuron的BBP内部开发的仿真控制应用。
Python实现提供了一个全面的Python API，用于对由BlueConfig文件定义的仿真进行微调。
描述
Neurodamus是BBP内部开发的用于设置大规模神经元仿真的大型应用程序。它传统上作为一组扩展到Neuron的.hoc和.mod文件的形式实现。仿真参数从默认的BlueConfig配置文件加载。
为了解决Hoc实现的一些限制，包括开发工作量，Neurodamus的高级层已在Python中重新实现。这种实现向用户提供了一个具有全面API的Python模块，适合精细控制仿真方面，并检查和最终适应仿真。
安装
先决条件
hdf5
libsonatareport https://github.com/BlueBrain/libsonatareport
带有MPI的neuron https://github.com/neuronsimulator/nrn
安装neurodamus
git clone https://github.com/BlueBrain/neurodamus.git
cd neurodamus
pip install .使用mod文件构建特殊版本
mkdir mods
cp -r mod-files-from-released-circuit mods/
cp -r neurodamus-install-prefix/share/mod/* mods/
nrnivmodl -incflags '-I <include-paths-of-our-dependencies>' -loadflags '-L <libs-paths-for-linking>' mod示例
安装后，您应该在您的路径中找到neurodamus
$ neurodamus
Usage:
neurodamus <ConfigFile> [options]
neurodamus --help在选项中，您将找到用于调整运行行为的标志。
Neurodamus 明确依赖 MPI 库进行并行执行。因此，请根据您的平台使用“srun”或“mpiexec”来启动它。如果不这样做，可能会出现复杂的错误信息。请记住这一点。
尽管提供了 neurodamus 启动器，但对于生产运行，我们建议使用 special。这种方式已被证明可以利用优化的数学库。我们希望很快也能将这些优势应用到启动器脚本中。
srun <srun params> <your_built_special> -mpi -python $NEURODAMUS_PYTHON/init.py <neurodamus params>完整的安装示例（包括模拟运行）可以在工作流程测试 simulation_test.yaml 中找到。
Docker 容器
或者，您可以直接启动一个 neurodamus Docker 容器，其中所有软件包都已构建。使用容器，您可以构建您的 mod 文件并运行模拟。请参阅 docker/README.md 中的说明。
构建 Docker 容器
当在存储库中创建新的标签时，如果不存在指定版本的容器，则会自动构建 Docker 容器镜像。在手动管道运行期间，也会构建容器镜像，但不会自动推送到 docker-hub；如果您想这样做，则需要手动在您创建的管道中启动作业。请注意，这是 可选的，容器镜像 始终 推送到 gitlab 仓库！
Docker 镜像将在 常规 gitlab 管道 中构建 - 如果在正确条件下触发（手动或通过 git 标签创建），容器作业将添加到此管道。
- 如果您手动运行管道，也可以设置依赖项的版本
LIBSONATAREPORT_TAG：libsonata-report 的 git 标签
LIBSONATA_TAG：libsonata 的 git 标签
NEURON_COMMIT_ID：neuron 的提交 ID
REGISTRY_IMAGE_TAG：这将成为容器版本。如果指定了其他任何一个，则必须指定。
致谢
本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院（EPFL）的研究中心蓝脑项目资助，该项目得到了瑞士政府联邦理工学院委员会的资助。
版权 (c) 2005-2023 蓝脑项目/EPFL
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