NeuroC

一组用于形态克隆的程序。以下包可以找到：

• 轴突缩小器

对于FILES_FOLDER中的每个形态，移除由相应注释描述的轴突拼接（即在树突注释的末尾和轴突注释的开始之间），并用中间的垂直段替换它。对于每个输入形态，生成NSAMPLES个输出形态，每个形态的替换段长度不同。长度范围从0到初始拼接段的长度。

• jitter：创建给定形态的克隆，并添加一些抖动以使它们都不同。有两种类型的抖动：旋转和缩放。旋转抖动使每个部分围绕其父轴或围绕所有后代点的主成分分析（PCA）（主成分分析）旋转。

安装

在新的虚拟环境中

pip install  --index-url  https://bbpteam.epfl.ch/repository/devpi/bbprelman/dev/+simple/ neuroc[plotly]

使用

在shell中，执行

neuroc --help

列出所有功能。

轴突缩小器

neuroc axon_shrinker files_dir annotations_dir output_dir

用于缩小轴突。

从大鼠到人类的缩放

neuroc scale rat-to-human HUMAN_DIR RAT_DIR MTYPE_MAPPING OUTPUT_DIR

将RAT_DIR中的大鼠细胞缩放到人类细胞尺寸。HUMAN_DIR应该是一个目录，具有以下结构

• 必须 仅 由以下子目录组成，其文件名为层名
• 每个子目录应由以下形态文件组成，其中文件名前的第一部分（在'_'之前）被视为 mtype

RAT_DIR 应该是一个包含 rat 形态文件以及一个 neuronDB.xml 文件的目录。

MTYPE_MAPPING_FILE 是一个包含字典的 YAML 文件，其中

• 键是人类 mtype 或 all
• 值是与键关联的 rat mtype 列表。或者是一个包含一个 'all' 元素的列表

ls
$ RAT_DIR

$ RAT_DIR\L1
$ RAT_DIR\L2
$ ...
$ RAT_DIR\L6

$ RAT_DIR\L1\AC_cell_name.swc
$ RAT_DIR\L1\BTC_cell_name.swc
$ ...

致谢

本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院洛桑联邦理工学院（EPFL）蓝色大脑项目的研究中心从瑞士政府 ETH 委员会的研究资金的支持。

本项目/研究得到了欧盟“地平线2020”研究与创新框架计划下框架伙伴协议 No. 650003（HBP FPA）的资金支持。

有关许可证和作者，请参阅 LICENSE.txt。

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