使用Nipype的可重复使用和可配置神经影像学管道。
项目描述
# neuro_pypes
[](https://travis-ci.org/Neurita/pypes) [](http://neuro-pypes.readthedocs.io) [](https://zenodo.org/badge/latestdoi/46623736)
使用[nipype](http://nipype.readthedocs.io/)和最先进的神经影像学预处理软件的可重复使用神经影像学管道。
此项目的目标是
易于使用、完整、可重复使用和可配置的预处理管道,
以及图像中手动干预最少的高质量结果。
## 文档
请参阅[此处](http://neuro-pypes.readthedocs.io)的文档。
## 引用
如果您使用Pypes,请引用它
` Alexandre M. Savio, Michael Schutte, Manuel Graña and Igor Yakushev Pypes: Workflows for Processing Multimodal Neuroimaging Data Front. Neuroinform., April 2017, vol 11, 2017, pages 25 issn: 1662-5196 doi: 10.3389/finf.2017.00025 ` [https://doi.org/10.3389/fninf.2017.00025](https://doi.org/10.3389/fninf.2017.00025)
…或者使用BibTeX: ` @ARTICLE{10.3389/fninf.2017.00025, AUTHOR={Savio, Alexandre M. and Schutte, Michael and Graña, Manuel and Yakushev, Igor}, TITLE={Pypes: Workflows for Processing Multimodal Neuroimaging Data}, JOURNAL={Frontiers in Neuroinformatics}, VOLUME={11}, PAGES={25}, YEAR={2017}, URL={http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2017.00025}, DOI={10.3389/fninf.2017.00025}, ISSN={1662-5196} } ` 还可以考虑引用 [Nipype](http://nipype.readthedocs.io) 以及你使用的所有其他开源工具。
## 许可证
Apache License,版本 2.0 许可。
变更日志
版本 1.1.2 (16.04.2018)
### 特性
为 nitap motion 添加 –extra 参数以提供额外的受试者元数据。
将nipype版本提升到1.0.2。包含一些修复。
版本 1.1.1 (08.03.2018)
### 修复错误
修复 cli/cli.py 文件中的错误导入。
修复 nitap plot 命令中的错误。
版本 1.1.0 (01.03.2018)
### 特性
添加了带有 plot 和 motion 子命令的 nitap CLI。
### 文档
为命令行界面添加了新章节。
### 代码更改
将所有导入路径更改为绝对路径。
行宽更改为120。
许多代码风格更改,以实现自动代码检查。
版本 1.0.1
修复错误:模块名更改后的某些错误导入名。
修复错误:添加了缺失的要求。
版本 1.0.0
API 破坏:将模块名从 pypes 更改为 neuro_pypes。
更新文档。
版本 0.3.5
修复 fMRI 管道图谱输出的连接命名。
版本 0.3.4
修复 fMRI 管道图谱输出的连接命名。
版本 0.3.3
修复 SPM+DiReCT 管道中的输出重命名。
向多切片绘图函数添加 black_bg 参数。
向 fmri 工具添加 motion_stats_sheet。
一般修复导入顺序,该顺序导致新 Nipype 发生错误。
版本 0.3.2
将图谱变形添加到 fMRI 管道中。
修复 fMRI 管道的错误。
版本 0.3 - 0.3.1
在 DTI 管道中添加运动统计措施。
改进文档。
将 SPM+DiReCT 选项添加到解剖预处理。
在 tasks.py 中添加 invoke 示例。
风格和错误修复。
修复最新 nipype 版本中的导入错误。
将 plot_ortho_slices 函数添加到 nilearn 接口。
版本 0.2.0 - 0.2.1
添加 mkdocs 文档和 readthedocs 设置。
为 PET 和 fMRI 添加注册选项。在配置中添加这些选项。
为 fMRI 和 PET 管道添加组模板。
将脑掩膜输出添加到解剖 MR 管道。
重命名/重新结构 fMRI 管道和文件。
改进 PET 输出文件命名。
在配置中添加 Camino 设置。
修复 slicetime_params 中的 _get_n_slices 中的错误。
错误修复。