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使用Nipype的可重复使用和可配置神经影像学管道。

项目描述

# neuro_pypes

[![Build Status](https://travis-ci.org/Neurita/pypes.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/Neurita/pypes) [![ReadTheDocs](https://readthedocs.org/projects/neuro-pypes/badge/?version=latest)](http://neuro-pypes.readthedocs.io) [![DOI](https://zenodo.org/badge/46623736.svg)](https://zenodo.org/badge/latestdoi/46623736)

使用[nipype](http://nipype.readthedocs.io/)和最先进的神经影像学预处理软件的可重复使用神经影像学管道。

此项目的目标是

  • 易于使用、完整、可重复使用和可配置的预处理管道,

  • 以及图像中手动干预最少的高质量结果。

## 文档

请参阅[此处](http://neuro-pypes.readthedocs.io)的文档。

## 引用

如果您使用Pypes,请引用它

` Alexandre M. Savio, Michael Schutte, Manuel Graña and Igor Yakushev Pypes: Workflows for Processing Multimodal Neuroimaging Data Front. Neuroinform., April 2017, vol 11, 2017, pages 25 issn: 1662-5196 doi: 10.3389/finf.2017.00025 ` [https://doi.org/10.3389/fninf.2017.00025](https://doi.org/10.3389/fninf.2017.00025)

…或者使用BibTeX: ` @ARTICLE{10.3389/fninf.2017.00025, AUTHOR={Savio, Alexandre M. and Schutte, Michael and Graña, Manuel and Yakushev, Igor}, TITLE={Pypes: Workflows for Processing Multimodal Neuroimaging Data}, JOURNAL={Frontiers in Neuroinformatics}, VOLUME={11}, PAGES={25}, YEAR={2017}, URL={http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2017.00025}, DOI={10.3389/fninf.2017.00025}, ISSN={1662-5196} } ` 还可以考虑引用 [Nipype](http://nipype.readthedocs.io) 以及你使用的所有其他开源工具。

## 许可证

Apache License,版本 2.0 许可。

变更日志

版本 1.1.2 (16.04.2018)

### 特性

  • nitap motion 添加 –extra 参数以提供额外的受试者元数据。

  • 将nipype版本提升到1.0.2。包含一些修复。

版本 1.1.1 (08.03.2018)

### 修复错误

  • 修复 cli/cli.py 文件中的错误导入。

  • 修复 nitap plot 命令中的错误。

版本 1.1.0 (01.03.2018)

### 特性

  • 添加了带有 plotmotion 子命令的 nitap CLI。

### 文档

  • 为命令行界面添加了新章节。

### 代码更改

  • 将所有导入路径更改为绝对路径。

  • 行宽更改为120。

  • 许多代码风格更改,以实现自动代码检查。

版本 1.0.1

  • 修复错误:模块名更改后的某些错误导入名。

  • 修复错误:添加了缺失的要求。

版本 1.0.0

  • API 破坏:将模块名从 pypes 更改为 neuro_pypes

  • 更新文档。

版本 0.3.5

  • 修复 fMRI 管道图谱输出的连接命名。

版本 0.3.4

  • 修复 fMRI 管道图谱输出的连接命名。

版本 0.3.3

  • 修复 SPM+DiReCT 管道中的输出重命名。

  • 向多切片绘图函数添加 black_bg 参数。

  • 向 fmri 工具添加 motion_stats_sheet。

  • 一般修复导入顺序,该顺序导致新 Nipype 发生错误。

版本 0.3.2

  • 将图谱变形添加到 fMRI 管道中。

  • 修复 fMRI 管道的错误。

版本 0.3 - 0.3.1

  • 在 DTI 管道中添加运动统计措施。

  • 改进文档。

  • 将 SPM+DiReCT 选项添加到解剖预处理。

  • 在 tasks.py 中添加 invoke 示例。

  • 风格和错误修复。

  • 修复最新 nipype 版本中的导入错误。

  • plot_ortho_slices 函数添加到 nilearn 接口。

版本 0.2.0 - 0.2.1

  • 添加 mkdocs 文档和 readthedocs 设置。

  • 为 PET 和 fMRI 添加注册选项。在配置中添加这些选项。

  • 为 fMRI 和 PET 管道添加组模板。

  • 将脑掩膜输出添加到解剖 MR 管道。

  • 重命名/重新结构 fMRI 管道和文件。

  • 改进 PET 输出文件命名。

  • 在配置中添加 Camino 设置。

  • 修复 slicetime_params 中的 _get_n_slices 中的错误。

  • 错误修复。

项目详情


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neuro_pypes-1.1.2.tar.gz (299.8 kB 查看散列)

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