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Neo是一个用于在Python中表示电生理数据的包,同时支持读取多种神经生理学文件格式

项目描述

Neo是一个Python包,用于在Python中处理电生理学数据,并支持读取广泛范围的神经生理学文件格式,包括Spike2、NeuroExplorer、AlphaOmega、Axon、Blackrock、Plexon、Tdt,以及支持写入这些格式的一小部分以及包括HDF5在内的非专有格式。

Neo的目标是通过提供一个共同、共享的对象模型来提高Python工具之间分析、可视化和生成电生理学数据之间的互操作性。为了尽可能轻量级,Neo故意限制为数据表示,不提供数据分析或可视化的功能。

Neo被多个其他软件工具使用,包括SpykeViewer(数据分析与可视化)、Elephant(数据分析)、G-node套件(数据库)、PyNN(模拟)、tridesclous(动作电位排序)和ephyviewer(数据可视化)。OpenElectrophy(数据分析与可视化)使用较旧的Neo版本。

Neo实现了一个适用于细胞内和细胞外电生理学以及EEG数据的高级数据模型,支持多电极(例如四电极)。Neo的数据对象基于量纲包,该包又基于NumPy通过添加对物理维度的支持。因此,Neo对象的行为就像普通的NumPy数组,但具有额外的元数据、维一致性检查和自动单位转换。

具有类似目标但针对神经影像学文件格式的一个项目是NiBabel

代码状态

Core Test Status (Github Actions) IO Test Status (Github Actions) Unit Test Coverage

更多信息

有关安装说明,请参阅doc/source/install.rst

在出版物中引用Neo,请参阅CITATION.txt

版权:

版权所有 2010-2024 Neo团队,请参阅doc/source/authors.rst。

许可证:

3条款修订版BSD许可证,有关详细信息请参阅LICENSE.txt。

资助

Neo的开发部分得到了欧盟第六框架计划(FP6)下的协议号FETPI-015879(FACETS)的资助,由欧盟第七框架计划(FP7/2007-2013)下的协议号269921(BrainScaleS)和604102(HBP)以及欧盟的Horizon 2020研究与创新框架计划下的特定协议号720270(Human Brain Project SGA1)、785907(Human Brain Project SGA2)和945539(Human Brain Project SGA3)的资助。

项目详情


下载文件

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源分布

neo-0.13.3.tar.gz (5.0 MB 查看哈希值)

上传时间

构建分布

neo-0.13.3-py3-none-any.whl (644.6 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

支持者