nebgbhist 0.0.5

nebgbhist

从多个Genbank文件中构建注释历史的工具。

示例

$ mkdir gbhist
$ neb-rev-fetch -d gbhist NC_008512
$ neb-gbhist -d gbhist | neb-diff-apply NC_008512.git
$ git --git-dir=NC_008512.git gc --aggressive
$ neb-validate-history -p NC_008512.git -g gbhist/2009-04-29-04-04.gbk

处理文件

如果您在构建后克隆了包存储库，您可以在文件系统中查看内容。对于具有大量编辑的大基因组，这可能会在目录条目限制下运行，直到我重写对象存储。对于Carsonella（NC_008512）示例，我没有问题。

$ git clone NC_008512.git
$ cd NC_008512
$ ls -1
accession  dblink     keywords   objects/   seq/       version
comment    definition locus      ref/       source

根目录中的文件表示Genbank文件中定义的关键字。ref和seq子目录包含关于引用和序列哈希的信息。对象目录列出历史中的特性。对象/known和对象/alive文件是哈希字典，指向给定位置的特性当前版本。活动特性是任何未被删除或用新版本替换的内容。

如果您想实际使用这些对象，我建议您使用nebpack.Pack对象。