Genbank文件解析器。
项目描述
用法
>>> import nebgb
>>> rec = nebgb.parse_file("./test/data/simple-1.gb").next()
>>> rec.locus["name"]
'NP_034640'
>>> rec.locus["length"]
182
>>> rec.keywords["source"]["name"]
'house mouse'
>>> rec.features[1]["properties"]["product"]
'interferon beta, fibroblast'
>>> for seq in rec.seqiter:
... print seq
mnnrwilhaafllcfsttalsinykqlqlqertnirkcqelleqlngkinltyradfkip
memtekmqksytafaiqemlqnvflvfrnnfsstgwnetivvrlldelhqqtvflktvle
ekqeerltwemsstalhlksyywrvqrylklmkynsyawmvvraeifrnfliirrltrnf
qn
或者您可以使用 nebgb.parse() 来解析Genbank文件的字符串或迭代器。
项目详情
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nebgb-0.1.2.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8f94fcc12d41e4f52110745edc9709c2cf2396dd559a94c4b931bb565f53ffd3 |
|
| MD5 | ca1040d5dc9eea9a94f483595aa354fa |
|
| BLAKE2b-256 | 0aefecf8d7608d700bec384f625812989ff990fcbf3c79569e8e083de6258804 |