Fasta文件解析器。
项目描述
用法
>>> import nebfa >>> rec = nebfa.parse(open("./test/data/basic.fa")).next() >>> rec.id ('gi', '0120123123') >>> rec.desc 'Some stuff' >>> rec.sequence 'ACGT' >>> rec.hash '2108994E17F6CCA9FF2352ADA92B6511DB076034'# 或者,parse_file避免了调用open的需要。 >>> for rec in nebfa.parse_file(“./test/data/multi.fa”): … print rec.id (‘gi’,‘0120123123’) (‘ref’,‘YP_234234.2’)
记录还有一个meta属性,它有两个键用于标识符和描述。当您有Ctrl-A分隔的defline时,您需要查看该成员。如果您有更好的语法建议,请发送一条消息。