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Fasta文件解析器。

项目描述

用法

>>> import nebfa
>>> rec = nebfa.parse(open("./test/data/basic.fa")).next()
>>> rec.id
('gi', '0120123123')
>>> rec.desc
'Some stuff'
>>> rec.sequence
'ACGT'
>>> rec.hash
'2108994E17F6CCA9FF2352ADA92B6511DB076034'

# 或者,parse_file避免了调用open的需要。 >>> for rec in nebfa.parse_file(“./test/data/multi.fa”): … print rec.id (‘gi’,‘0120123123’) (‘ref’,‘YP_234234.2’)

记录还有一个meta属性,它有两个键用于标识符和描述。当您有Ctrl-A分隔的defline时,您需要查看该成员。如果您有更好的语法建议,请发送一条消息。

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